Xem trước tài liệu

Đang tải tài liệu...

Thông tin chi tiết tài liệu

Định dạng: PDF
Số trang: 76 trang
Dung lượng: 1 MB

Giới thiệu nội dung

ĐỊNH DANH NẤM Trichoderma DỰA VÀO TRÌNH TỰ VÙNG ITS – rDNA VÀ VÙNG TEF

Tác giả: LẠI HÀ TỐ HOA

Lĩnh vực: CÔNG NGHỆ SINH HỌC

Nội dung tài liệu:

Luận văn này tập trung vào việc định danh các dòng nấm Trichoderma bằng cách phân tích trình tự gen vùng ITS – rDNA và vùng Tef. Nghiên cứu đã phục hồi 20 dòng nấm Trichoderma từ các địa điểm khác nhau ở Việt Nam và mẫu nước ngoài, sau đó tiến hành nhân sinh khối, ly trích DNA và khuếch đại các vùng gen mục tiêu bằng phản ứng PCR. Kết quả giải trình tự DNA được so sánh với cơ sở dữ liệu NCBI để xác định chính xác tên loài của từng dòng nấm. Nghiên cứu đã khẳng định trình tự DNA vùng ITS1 – 5,8S – ITS2 và vùng Tef của dòng Trichoderma asperellum (T4) có mức độ tương đồng cao với các dòng đã được định danh trên thế giới.

Mục lục chi tiết:

  • Trang tựa
  • Lời cảm ơn
  • Tóm tắt
  • Mục lục
  • Danh sách chữ viết tắt
  • Danh sách các bảng và hình
  • PHẦN 1: GIỚI THIỆU VÀ TỔNG QUAN TÀI LIỆU
    • 1.1 Đặt vấn đề
    • 1.2 Mục đích nghiên cứu
    • 1.3 Yêu cầu
  • PHẦN 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU
    • 2.1 Giới thiệu về nấm Trichoderma
      • 2.1.1 Phân loại
      • 2.1.2 Nguồn gốc
      • 2.1.3 Đặc điểm hình thái
      • 2.1.4 Đặc điểm sinh thái
      • 2.1.5 Cơ chế tác động của nấm Trichoderma lên nấm gây bệnh cây trồng
      • 2.1.6 Cơ chế đối kháng của Trichoderma
        • 2.1.6.1 Kháng sinh
        • 2.1.6.2 Ký sinh
        • 2.1.6.3 Cạnh tranh
      • 2.1.7 Ứng dụng của nấm Tricoderma trong các lĩnh vực
        • 2.1.7.1 Lương thực và nguyên liệu sợi
        • 2.1.7.2 Chất sinh học
        • 2.1.7.3 Chất giúp tăng sự phát triển của cây
        • 2.1.7.4 Như là nguồn trao đổi thông tin di truyền
    • 2.2 TỔNG QUAN VỀ ITS – rDNA
      • 2.2.1 Giới thiệu về vùng rDNA và vùng ITS
      • 2.2.2 Lịch sử nghiên cứu rDNA
      • 2.2.3 Sử dụng vùng rDNA để nghiên cứu sự đa dạng di truyền
      • 2.2.4 Nghiên cứu trên vùng rDNA-ITS và vùng Tef của nấm Trichoderma
    • 2.3. GIỚI THIỆU KỸ THUẬT PCR
      • 2.3.1 Giới thiệu sơ lược về phản ứng PCR
        • 2.3.1.1 Khái niệm
        • 2.3.1.2 Nguyên tắc
      • 2.3.2 Các yếu tố ảnh hưởng
        • 2.3.2.1 DNA khuôn
        • 2.3.2.2 Enzyme
        • 2.3.2.3 Primer và nhiệt độ lai
        • 2.3.2.4 Các thành phần khác trong phản ứng PCR
        • 2.3.2.5 Số lượng chu kỳ phản ứng
        • 2.3.2.6 Thiết bị và dụng cụ phản ứng PCR
      • 2.3.3 Ứng dụng của PCR
    • 2.4. GIỚI THIỆU SƠ LƯỢC VỀ KỸ THUẬT DNA SEQUENCING
    • 2.5. TÌNH HÌNH NGHIÊN CỨU TRONG NƯỚC
    • 2.6 TÌNH HÌNH NGHIÊN CỨU THẾ GIỚI
    • 2.7 HƯỚNG PHÁT TRIỂN TƯƠNG LAI TRÊN CÁC DÒNG NẤM TRICHODERMA (HARMAN 2000)
  • PHẦN 3 : VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
    • 3.1 THỜI GIAN, ĐỊA ĐIỂM, ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU
      • 3.1.1 Thời gian và địa điểm nghiên cứu
      • 3.1.2 Đối tượng nghiên cứu
    • 3.2 HOÁ CHẤT VÀ TRANG THIẾT BỊ THÍ NGHIỆM
      • 3.2.1 Hóa chất
        • 3.2.1.1 Môi trường để lưu trữ nguồn nấm
        • 3.2.1.2 Môi trường để phục hồi nhanh dòng nấm
        • 3.2.1.3 Hoá chất cần cho dung dịch nhân sinh khối nấm
        • 3.2.1.4 Hoá chất cần cho tách chiết DNA sợi nấm
        • 3.2.1.5 Hoá chất sử dụng trong điện di
        • 3.2.1.6 Hoá chất cho phản ứng PCR
        • 3.2.1.7 Hoá chất trong tinh sạch sản phẩm PCR
      • 3.2.2 Dụng cụ và thiết bị
    • 3.3 PHỤC HỒI CÁC DÒNG NẤM TRICHODERMA
    • 3.4 NHÂN SINH VÀ THU SINH KHỐI NẤM
    • 3.5 LY TRÍCH DNA TỪ NẤM ĐÃ ĐƯỢC NGHIỀN MỊN
    • 3.6 KIỂM TRA KẾT QUẢ LY TRÍCH DNA VÀ PHA LOÃNG DNA
    • 3.7 THỰC HIỆN PHẢN ỨNG PCR KHUẾCH ĐẠI VÙNG ITS-rDNA, TEF CÁC DÒNG NẤM TRICHODERMA
      • 3.7.1 Vật liệu và thành phần hoá chất cho phản ứng PCR
      • 3.7.2 Chu kỳ nhiệt phản ứng PCR (Wang C. Z., 2002)
      • 3.7.3 Đánh giá kết quả PCR
    • 3.8 ĐỌC TRÌNH TỰ SẢN PHẨM PCR
      • 3.8.1 Chuẩn bị DNA khuôn
        • 3.8.1.1 Tinh sạch sản phẩm PCR
        • 3.8.1.2 Định lượng sản phẩm PCR đã tinh sạch
      • 3.8.2 Chạy điện di và ghi nhận tín hiệu trên máy sequencer
  • PHẦN 4: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
    • 4.1 Kết quả phục hồi nấm Trichoderma từ những ống nghiệm chứa những bào tử nấm
    • 4.2. Kết quả ly trích thu DNA từ các dòng nấm Trichoderma
    • 4.3 Kết quả khuếch đại vùng ITS1 – 5,8S – ITS2
    • 4.4 Pha loãng sản phẩm PCR đã được tinh sạch
    • 4.5 Sản phẩm PCR tinh sạch của dòng Trichoderma harzianum
    • 4.6 Kết quả giải trình tự vùng ITS-rDNA và vùng Tef
      • 4.6.1 So sánh trình tự nucleotid giữa vùng ITS – rDNA và vùng Tef
      • 4.6.2 Kết quả giải trình tự vùng ITS1 – 5,8S – ITS2
      • 4.6.3 Kết quả giải trình tự vùng Tef1fw – Tef2rev của dòng T4
  • PHẦN 5: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ
    • 5.1 Kết luận
    • 5.2 Đề nghị
    • 5.3 Hạn chế đề tài
  • Tài liệu tham khảo
  • Phụ lục