Structure Of RNase Sa2 Complexes With Mononucleotides – New Aspects Of Catalytic Reaction And Substrate Recognition

Structure of RNase Sa2 complexes with mononucleotides – new aspects of catalytic reaction and substrate recognition

Tác giả: Vladena Bauerová-Hlinková, Radovan Dvorský, Dušan Perečko, František Považanec, and Jozef Ševčík

Lĩnh vực: Binding subsite; Complex structure; RNA hydrolysis; RNase; Substrate recognition

Nội dung tài liệu:

Nghiên cứu này trình bày cấu trúc tinh thể của RNase Sa2 ở dạng tự do và dưới dạng phức hợp với các mononucleotide, cung cấp thông tin chi tiết về cơ chế xúc tác và nhận diện cơ chất của enzyme. Các tác giả đã làm rõ vai trò của các axit amin như Glu56, His86, Arg67 và Arg71 trong phản ứng thủy phân RNA, đặc biệt là trong việc phân cực liên kết photphat và tạo điều kiện cho cuộc tấn công nucleophile. Kết quả cũng cho thấy cơ chế gắn kết của RNase Sa2 với guanosine, khả năng dự đoán các vị trí gắn kết hạ nguồn cho bazơ và ribose của các nucleotide tiếp theo.

Mục lục chi tiết:

• Introduction
• Results
• Description of the structures
• Crystal packing
• 3′-GMP in the active site of RNase Sa2
• Exo-2′,3′-GCPT in the active site of RNase Sa2
• 2′-GMP in the active site of RNase Sa2
• Molecular docking of nucleotides
• Discussion
• Experimental procedures
• Purification, crystallization, and data collection
• Structure determination and refinement
• Molecular docking of the nucleotides into the active site of RNase Sa2
• Acknowledgements
• References