Xem trước tài liệu

Đang tải tài liệu...

Thông tin chi tiết tài liệu

Định dạng: PDF
Số trang: 79 trang
Dung lượng: 3 MB

Giới thiệu nội dung

Nghiên cứu đa dạng di truyền phân đoạn S7 của các chủng virus gây bệnh lúa lùn sọc đen

Tác giả: Lại Phương Liên

Lĩnh vực: Di truyền học

Nội dung tài liệu:

Luận văn này tập trung nghiên cứu về đa dạng di truyền của phân đoạn S7 thuộc virus gây bệnh lúa lùn sọc đen (SRBSDV). SRBSDV là một tác nhân gây bệnh nguy hiểm cho cây lúa, có khả năng phát tán rộng và gây thiệt hại nghiêm trọng đến năng suất. Phân đoạn S7 của SRBSDV có vai trò quan trọng trong việc nghiên cứu tính đa dạng di truyền và sự tiến hóa của virus do chứa gen quy định protein P7-1, liên quan đến tương tác đặc hiệu với vector truyền bệnh là rầy lưng trắng (Sogatella furcifera).

Đề tài bao gồm các mục tiêu chính là phân lập và giải trình tự phân đoạn S7 từ các mẫu lúa bị nhiễm bệnh tại Việt Nam, sau đó phân tích tính đa dạng di truyền và so sánh mức độ tiến hóa của các chủng SRBSDV tại Việt Nam với các chủng trên thế giới. Nghiên cứu này góp phần làm rõ hơn bản chất hệ gene, mức độ đa dạng di truyền, nguy cơ phát sinh chủng mới và các biện pháp phòng trừ hiệu quả đối với virus SRBSDV.

Mục lục chi tiết:

  • MỞ ĐẦU
  • CHƯƠNG I – TỔNG QUAN TÀI LIỆU
    • 1.1. GIỚI THIỆU CHUNG VỀ CÁC VIRUS HẠI LÚA Ở VIỆT NAM
      • 1.1.1. Các virus gây bệnh trên lúa
      • 1.1.2. Tình hình nghiên cứu virus hại lúa ở Việt Nam
    • 1.2. BỆNH LÙN SỌC ĐEN PHƯƠNG NAM VÀ VIRUS SRBSDV
      • 1.2.1. Giới thiệu chung về bệnh lùn sọc đen phương Nam
        • 1.2.1.1. Nguồn gốc phát sinh bệnh lùn sọc đen phương Nam
        • 1.2.1.2. Diễn biến bệnh lúa lùn sọc đen tại Việt Nam
      • 1.2.2. Đặc điểm bệnh học của bệnh lùn sọc đen phương Nam
        • 1.2.2.1.Dấu hiệu nhận biết
        • 1.2.2.2. Vector truyền bệnh
      • 1.2.3. Đặc điểm sinh học của virus SRBSDV
        • 1.2.3.1. Phân loại
        • 1.2.3.2. Đặc điểm hình thái của SRBSDV
        • 1.2.3.3. Đặc điểm di truyền của virus SRBSDV
        • 1.2.3.4. Đặc điểm phân đoạn S7 và khả năng tiến hóa của SRBSDV
        • 1.2.3.5. Chuẩn đoán virus SRBSDV
      • 1.2.4. Tình hình nghiên cứu bệnh lùn sọc đen phương Nam và virus SRBSDV ở Việt Nam
        • 1.2.4.1. Các nghiên cứu xác định virus SRBSDV
        • 1.2.4.2. Các nghiên cứu về quy trình chẩn đoán virus SRBSDV
  • CHƯƠNG II – VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
    • 2.1. VẬT LIỆU
      • 2.1.1. Đối tượng nghiên cứu
      • 2.1.2. Hóa chất
      • 2.1.3. Thiết bị
    • 2.2. PHƯƠNG PHÁP
      • 2.2.1. Thu mẫu
      • 2.2.2. Xét nghiệm mẫu
        • 2.2.2.1. Phương thức ELISA gắn đặc hiệu – “Sandwich ELISA”
        • 2.2.2.2. RT-PCR một bước
        • 2.2.2.3. Điện di DNA trên gel agarose 1%
      • 2.2.3. Tinh sạch dsRNA của SRBSDV bằng cột CF-11
      • 2.2.4. Tổng hợp cDNA từ dsRNA
        • 2.2.4.1 Thiết kế cặp mồi
        • 2.2.4.2. Tổng hợp cDNA sợi 1
        • 2.2.4.3. Tổng hợp cDNA sợi đôi bằng kĩ thuật PCR
        • 2.2.4.4. Tinh sạch sản phẩm PCR từ gel agarose bằng bộ kit Fermentas
      • 2.2.5. Nhân dòng sản phẩm PCR bằng bộ kit pGEM®-T Easy Cloning
        • 2.2.5.1. Phản ứng gắn sản phẩm PCR vào vector pGEM-T
        • 2.2.5.2. Biến nạp DNA vào tế bào khả biến E.coli chủng DH5a
      • 2.2.6. Tinh sạch plasmid từ vi khuẩn E.coli bằng bộ kit GenJETTM Plasmid Miniprep
      • 2.2.7. Cắt enzyme giới hạn
      • 2.2.8. Giải trình tự nucleotide đoạn gen đã nhân dòng
      • 2.2.9. Phân tích đa dạng di truyền phân đoạn S7
  • CHƯƠNG III – KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
    • 3.1. Thu thập và bảo quản mẫu
    • 3.2. Kết quả sàng lọc mẫu bệnh bằng phương pháp Sandwich-ELISA và RT-PCR một bước
      • 3.2.1. Kết quả xét nghiệm mẫu bệnh sử dụng phương pháp Sandwich- ELISA
      • 3.2.2. Sàng lọc mẫu bệnh bằng phương pháp RT-PCR 1 bước
    • 3.3. Phân lập hệ gen của các mẫu SRBSDV
    • 3.4. Phân lập phân đoạn S7 của SRBSDV thu thập từ mẫu lúa bệnh
    • 3.5. Nhân bản phân đoạn S7 bằng phương pháp RT-PCR
      • 3.5.1. Thiết kế đoạn mồi đặc hiệu cho phản ứng RT-PCR phục vụ nhân bản phân đoạn S7
      • 3.5.2. Nhân bản phân đoạn S7 bằng phương pháp RT-PCR
    • 3.6. Tinh sạch sản phẩm PCR phân đoạn S7 của virus SRBSDV
    • 3.7. Nhân dòng phân đoạn S7 vào vector PGEM-T
      • 3.7.1. Tạo plasmid tái tổ hợp PGEM-T/S7 biến nạp vào tế bào E.coli chủng DH5a
      • 3.7.2. Kiểm tra sự có mặt phân đoạn S7 trong plasmid tái tổ hợp
        • 3.7.2.1. Kiểm tra sự có mặt phân đoạn S7 trong plasmid tái tổ hợp bằng phản ứng PCR
        • 3.7.2.2. Kiểm tra sự có mặt phân đoạn S7 trong plasmid tái tổ hợp bằng cách xử lí với enzyme cắt giới hạn EcoRI
    • 3.8. Giải trình tự phân đoạn S7 của SRBSDV
    • 3.9. Phân tích đa dạng di truyền phân đoạn S7 của các mẫu SRBSDV
      • 3.9.1. So sánh trình tự phân đoạn S7 của các mẫu SRBSDV Việt Nam với các mẫu SRBSDV trên thế giới
      • 3.9.2. Phân tích đặc điểm di truyền
  • KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ
    • Kết luận
    • Kiến nghị
  • TÀI LIỆU THAM KHẢO
  • PHỤ LỤC 1
  • PHỤ LỤC 2