New evidence for the role of calcium in the glycosidase reaction of GH43 arabinanases

New Evidence For The Role Of Calcium In The Glycosidase Reaction Of Gh43 Arabinanases

Tác giả: Daniele de Sanctis, José M. Inácio, Peter F. Lindley, Isabel de Sá-Nogueira, Isabel Bento

Lĩnh vực: Sinh hóa học, Sinh học cấu trúc

Nội dung tài liệu: Nghiên cứu này tập trung vào cấu trúc 3D và cơ chế xúc tác của enzyme endo-α-L-arabinanase BsArb43B, một thành viên của họ Glycoside Hydrolase (GH) 43. Các tác giả đã xác định cấu trúc không gian của enzyme dạng nguyên bản và các dạng đột biến H318A và D171A. Kết quả nghiên cứu cung cấp bằng chứng thực nghiệm về vai trò của ion Canxi (Ca²⁺) trong phức hợp hoạt động của enzyme. Ion Ca²⁺ được xác định nằm trong một hốc nhỏ gần vị trí xúc tác, được phối trí bởi sáu phân tử nước và một gốc Histidine (His318). Các thí nghiệm cho thấy sự hiện diện của Ca²⁺ là cần thiết cho hoạt tính tối ưu của BsArb43B, có khả năng là do ảnh hưởng đến trạng thái proton của các nhóm carboxylate xúc tác. Nghiên cứu cũng khám phá vai trò của Histidine 318 trong việc tương tác và ổn định cơ chất. Ngoài ra, bài báo còn mô tả cấu trúc hai miền của BsArb43B, bao gồm một miền xúc tác N-terminal dạng β-propeller và một miền C-terminal bổ sung, mà đặc điểm này khác biệt so với các arabinanase khác đã biết.