Xem trước tài liệu

Đang tải tài liệu...

Thông tin chi tiết tài liệu

Định dạng: PDF
Số trang: 11 trang
Dung lượng: 291 KB

Giới thiệu nội dung

An Active Site Homology Model of Phenylalanine Ammonia-Lyase from Petroselinum crispum

Tác giả: Dagmar Röther, László Poppe, Gaby Morlock, Sandra Viergutz, and János Rétey

Lĩnh vực: Hóa hữu cơ, Sinh hóa

Nội dung tài liệu: Nghiên cứu này trình bày việc xây dựng mô hình tương đồng cấu trúc của enzyme phenylalanine ammonia-lyase (PAL) từ cây mùi tây (Petroselinum crispum). PAL có vai trò quan trọng trong quá trình trao đổi chất của thực vật, tham gia vào việc tổng hợp các hợp chất như lignin, flavonoid và coumarin. Nghiên cứu sử dụng phương pháp so sánh trình tự axit amin với enzyme histidine ammonia-lyase (HAL) có cấu trúc đã được xác định. Các đột biến được thực hiện trên các axit amin tương đồng tại vị trí hoạt động để đánh giá tầm quan trọng của chúng đối với hoạt tính xúc tác và khả năng gắn kết cơ chất. Kết quả cho thấy tất cả các đột biến đều làm giảm hoạt tính của enzyme. Mô hình tương đồng cấu trúc PAL được xây dựng dựa trên dữ liệu cấu trúc HAL và kết quả thực nghiệm đột biến, cho thấy vị trí hoạt động của PAL tương tự như HAL. Mô hình này giúp đề xuất các vai trò tiềm năng của các axit amin tương ứng trong quá trình xúc tác của PAL.

Mục lục chi tiết:

  • Giới thiệu
  • Vật liệu và phương pháp
  • So sánh trình tự
  • Mô hình tương đồng
  • Đánh giá chất lượng mô hình
  • Tối ưu hóa và khớp cơ chất tại vị trí hoạt động
  • Trình bày và tinh sạch protein
  • Phân tích SDS/PAGE và Western blot
  • Đặc trưng động học của các enzyme đột biến
  • Kết quả và thảo luận
  • So sánh trình tự axit amin và đột biến định hướng vị trí
  • Mô hình hóa cấu trúc
  • Mô hình hóa homology của PAL
  • Mô hình hóa PAL 1-63 fragment
  • Mô hình hóa PAL 532-716 fragment
  • Mô hình hóa đơn phân PAL 1-716 hoàn chỉnh
  • Phân tích mô hình homotetramer PAL đầy đủ
  • Phân tích vị trí hoạt động
  • Mô hình hóa cấu trúc X-ray của HAL và mô hình homology của PAL
  • Mô hình hóa PAL
  • Mô hình hóa cấu trúc HAL và PAL
  • Mô hình hóa sự tương tác của cơ chất
  • Các mô hình tính toán cho sự gắn kết L-phenylalanine dạng lưỡng tính, phức hợp trung gian σ, và trạng thái gắn kết E-cinnamate/ammonia của vị trí hoạt động PAL
  • Mô hình hóa sự loại bỏ amoniac khỏi phức hợp trung gian σ của phản ứng PAL và phân bố điện tích trong phức hợp trung gian σ L-Phe-MIO được tính toán bằng phương pháp PM3
  • Kết luận về cơ chế hoạt động của phenylalanine ammonia-lyase
  • Thư mục tài liệu