Báo cáo khoa học: The study of G-protein coupled receptor oligomerization with computational modeling and bioinformatics

The study of G-protein coupled receptor oligomerization with computational modeling and bioinformatics

Tác giả: Marta Filizola and Harel Weinstein

Lĩnh vực: Computational Biology, Bioinformatics, Molecular Modeling

Nội dung tài liệu:
Nghiên cứu này tập trung vào việc sử dụng các phương pháp mô hình hóa tính toán và tin sinh học để tìm hiểu về sự kết tụ (oligomerization) của các thụ thể bắt cặp với protein G (GPCRs). Do dữ liệu cấu trúc chi tiết ở độ phân giải nguyên tử còn hạn chế, các kỹ thuật tin sinh học, đặc biệt là các phương pháp dựa trên thông tin trình tự và tiến hóa, được áp dụng để dự đoán các giao diện tương tác có khả năng hình thành nên các phức hợp dimer hoặc oligomer của GPCRs. Bài báo tổng hợp và xem xét các phương pháp tiếp cận chính trong lĩnh vực này, bao gồm Phân tích đột biến tương quan (CMA) và Phương pháp vết tiến hóa, đồng thời thảo luận về kết quả áp dụng chúng vào nhóm GPCRs giống rhodopsin. Các kết quả này chỉ ra rằng các vùng của các xoắn xuyên màng (TMs) 4-6 thường được dự đoán là các giao diện quan trọng cho sự kết tụ của GPCRs.

Mục lục chi tiết:

• MINIREVIEW
• The study of G-protein coupled receptor oligomerization with computational modeling and bioinformatics
• Keywords
• Correspondence
• Introduction
• Abbreviations
• Computational study of GPCR oligomerization
• Methods employed
• The evolutionary trace method
• Correlated mutation analysis
• Methods that detect tree-determinant positions
• Hidden-site class model of evolution
• Common elements in the prediction of GPCR-GPCR interaction interfaces
• Structural details from computational modeling and bioinformatics
• Experimentally tested predictions
• Acknowledgements
• References