Báo cáo khoa học: Characterization of the molten globule state of retinol-binding protein using a molecular dynamics simulation approach

Characterization of the molten globule state of retinol-binding protein using a molecular dynamics simulation approach

Tác giả: Emanuele Paci, Lesley H. Greene, Rachel M. Jones, Lorna J. Smith

Lĩnh vực: Hóa sinh, Lý sinh

Nội dung tài liệu: Nghiên cứu này sử dụng phương pháp mô phỏng động lực học phân tử để đặc trưng hóa trạng thái molten globule của retinol-binding protein (RBP). Trạng thái molten globule, một trạng thái gấp khúc một phần của protein, được cho là có vai trò quan trọng trong các quá trình sinh lý như giải phóng ligand. Nghiên cứu đã tạo ra mô hình cho tập hợp các cấu hình của RBP ở trạng thái molten globule, với bán kính quay gyration lớn hơn đáng kể so với trạng thái tự nhiên. Các cấu hình mô phỏng cho thấy phần lớn cấu trúc thứ cấp dạng beta-sheet được duy trì, đặc biệt là ở các vùng trung tâm của hai tấm beta-sheet trực giao. Tuy nhiên, có sự biến động đáng kể ở các vùng ngoài của tấm beta-sheet và sự sắp xếp các chuỗi bên cũng có sự thay đổi lớn.

Mục lục chi tiết:

• Keywords
• Correspondence
• Abstract
• Introduction
• Results and Discussion
• Sampling of conformational space
• Secondary structure persistence
• Variations in side chain packing
• Common interactions may be topological constraints in the molten globule
• Retinol binding site
• Transthyretin binding site
• Comparison with other molten globule states
• Conclusions
• Experimental procedures
• Acknowledgements
• References
• Supplementary material available