Xem trước tài liệu

Đang tải tài liệu...

Thông tin chi tiết tài liệu

Định dạng: PDF
Số trang: 9 trang
Dung lượng: 129 KB

Giới thiệu nội dung

Protein Database Searches Using Compositionally Adjusted Substitution Matrices

Tác giả: Stephen F. Altschul, John C. Wootton, E. Michael Gertz, Richa Agarwala, Aleksandr Morgulis, Alejandro A. Schäffer and Yi-Kuo Yu

Lĩnh vực: Khoa học máy tính, Sinh học tính toán

Nội dung tài liệu: Bài báo này giới thiệu một quy trình tổng quát để chuyển đổi một ma trận thay thế tiêu chuẩn thành ma trận phù hợp cho việc so sánh hai chuỗi có thành phần tùy ý và có thể khác nhau. Các ma trận đã điều chỉnh này mang lại sự cải thiện về điểm số và sự liên kết khi so sánh các protein có thành phần bị sai lệch đáng kể. Nghiên cứu xem xét việc áp dụng các ma trận đã điều chỉnh thành phần cho các tìm kiếm cơ sở dữ liệu chuỗi protein mục đích chung, trong đó các cặp chuỗi liên quan không nhất thiết phải có thành phần bị sai lệch mạnh. Bài báo mô tả các tiêu chí đơn giản để xác định khi nào việc điều chỉnh thành phần có lợi, và lưu ý rằng việc điều chỉnh ma trận thay thế thành phần hiện có sẵn trong phiên bản protein-protein của NCBI BLAST.

Mục lục chi tiết:

  • MINIREVIEW
  • Protein database searches using compositionally adjusted substitution matrices
  • Keywords
  • Correspondence
  • Introduction
  • Abbreviations
  • Compositionally adjusted substitution matrices
  • Statistical underpinnings
  • Compositionally adjusted matrices
  • Controlling relative entropy
  • Search program evaluation protocol
  • Criteria for invoking compositional adjustment
    • Length ratio
    • Compositional distance
    • Compositional angle
  • Implementation
  • Conclusion
  • References
  • Appendix