Time-dependent regulation analysis dissects shifts between metabolic and gene-expression regulation during nitrogen starvation in baker’s yeast

Time-dependent Regulation Analysis Dissects Shifts Between Metabolic and Gene-Expression Regulation During Nitrogen Starvation in Baker’s Yeast

Lĩnh vực: Sinh học hệ thống (Systems Biology)

Nội dung tài liệu:

Nghiên cứu này ứng dụng phân tích điều hòa theo thời gian để làm rõ cách thức và thời điểm các thay đổi chức năng trong tế bào nấm men bánh mì (Saccharomyces cerevisiae) diễn ra do sự tương tác giữa biểu hiện gen và trao đổi chất, đặc biệt là trong giai đoạn đói nitơ. Phương pháp này cho phép phân biệt sự đóng góp của điều hòa biểu hiện gen và điều hòa trao đổi chất đối với sự thay đổi của dòng chảy qua các enzyme. Nghiên cứu đã phân tích phản ứng ban đầu và muộn của nấm men sau khi chuyển từ môi trường giới hạn glucose sang môi trường thiếu nitơ. Kết quả cho thấy sự điều hòa diễn ra ở nhiều cấp độ phân tử, với sự cân bằng động giữa điều hòa trao đổi chất và điều hòa biểu hiện gen, thay vì chỉ dựa vào một cơ chế duy nhất.

Mục lục chi tiết:

• Introduction
• Experimental time-dependent regulation analysis
• Results
• Growth and perturbation condition
• Fermentative capacity and steady-state fluxes
• Enzyme capacities
• Time-dependent regulation analysis during the first 4 h
• Purely metabolic regulation
• Purely hierarchical regulation
• Antagonistic regulation directed by metabolism
• Progression towards more hierarchical regulation
• Progression towards metabolic regulation
• Integrated regulation after 24 h
• Transcript levels
• Discussion
• Experimental procedures
• Strain and growth conditions
• Perturbation conditions
• Analytical methods
• Fermentative capacity and steady-state fluxes
• Enzyme capacity measurements
• Regulation analysis
• Transcript levels measured by qPCR
• Acknowledgements
• References
• Supporting information