Xem trước tài liệu

Đang tải tài liệu...

Thông tin chi tiết tài liệu

Định dạng: PDF
Số trang: 11 trang
Dung lượng: 259 KB

Giới thiệu nội dung

Kinetics and Thermodynamics of Nick Sealing by T4 DNA Ligase

Tác giả: Alexey V. Cherepanov and Simon de Vries

Lĩnh vực: Biotechnology, Delft University of Technology, the Netherlands

Nội dung tài liệu: Nghiên cứu này tập trung vào việc phân tích động học và nhiệt động lực học của phản ứng niêm phong các đoạn đứt gãy trong DNA (nick sealing) được xúc tác bởi enzyme T4 DNA ligase. Các tác giả đã làm rõ cơ chế phản ứng, chỉ ra rằng quá trình nối DNA diễn ra song song dưới hai hình thức: nối “processive” (liên tục) và nối “nonprocessive” (không liên tục). Phân tích chi tiết động học của hai giai đoạn nối, ảnh hưởng của nồng độ ATP và Mg2+ lên tốc độ phản ứng, cũng như các năng lượng hoạt hóa cho các bước tự adenyl hóa, chuyển adenyl hóa và nối đoạn đứt gãy đã được xác định. Nghiên cứu cũng đề xuất một sơ đồ động học toàn diện cho hoạt động xúc tác của T4 DNA ligase, giải thích hiện tượng động học hai pha và các yếu tố ảnh hưởng.

Mục lục chi tiết:

  • Kinetics and thermodynamics of nick sealing by T4 DNA ligase
  • Keywords: DNA ligase; end-joining; kinetics; mechanism of action; mismatching nick.
  • Experimental procedures
  • Enzymes and oligonucleotides
  • Model system
  • Ligation of ndsDNA
  • Stability of DNA ligase at ambient temperature
  • Separation of ligation products and data analysis
  • Pre-steady-state kinetic analysis
  • Results and discussion
  • Time course of the joining reaction
  • Effect of ATP concentration
  • Effect of Mg2+ concentration
  • Temperature-dependence and pH-dependence of self-adenylation of T4 DNA ligase
  • Partial rates and activation energies of T4 DNA ligase catalysis
  • Kinetics of T4 DNA ligase catalysis
  • Physiological relevance of joining of mismatching nicks by T4 DNA ligase
  • Conclusion
  • Acknowledgements
  • References