Solution Parameters Modulating DNA Binding Specificity of the Restriction Endonuclease EcoRV

Solution Parameters Modulating DNA Binding Specificity of the Restriction Endonuclease EcoRV

Tác giả: Nina Y. Sidorova, Shakir Muradymov, Donald C. Rau

Lĩnh vực: Laboratory of Physical and Structural Biology, Program of Physical Biology, Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human Development, National Institutes of Health, Bethesda, MD, USA

Nội dung tài liệu: Nghiên cứu này khám phá các yếu tố ảnh hưởng đến độ đặc hiệu gắn kết DNA của enzyme cắt giới hạn EcoRV. Bằng cách sử dụng phương pháp tự cắt và sắc ký điện di, các nhà khoa học đã đo lường độ đặc hiệu gắn kết cạnh tranh của EcoRV đối với trình tự DNA cụ thể và không cụ thể dưới các điều kiện khác nhau về hoạt độ nước, pH và nồng độ muối. Kết quả cho thấy EcoRV có khả năng phân biệt rõ ràng trình tự DNA cụ thể và không cụ thể. Độ đặc hiệu gắn kết tăng lên đáng kể khi nồng độ chất tan trung tính tăng và pH giảm. Sự khác biệt về số lượng phân tử nước liên kết giữa phức hợp DNA-EcoRV cụ thể và không cụ thể nhất quán với sự khác biệt về cấu trúc tinh thể. Mặc dù có sự phụ thuộc lớn vào pH đối với độ đặc hiệu trình tự, sự phụ thuộc vào áp suất thẩm thấu cho thấy ít thay đổi cấu trúc theo pH. Sự phụ thuộc lớn vào áp suất thẩm thấu chỉ ra rằng việc đo lường độ đặc hiệu protein-DNA trong dung dịch loãng không thể áp dụng trực tiếp cho việc gắn kết trong môi trường đông đúc của tế bào. Ngoài các ion hóa trị kép, hoạt độ nước và pH là các tham số quan trọng điều chỉnh mạnh mẽ độ đặc hiệu gắn kết của EcoRV.

Mục lục chi tiết: