Xem trước tài liệu

Đang tải tài liệu...

Thông tin chi tiết tài liệu

Định dạng: PDF
Số trang: 63 trang
Dung lượng: 1 MB

Giới thiệu nội dung

Ứng dụng tin sinh học trong phân tích hệ phiên mã cây sâm Ngọc Linh (Panax vietnamensis Ha et Grushv.) 4 năm tuổi

Tác giả: Đào Quang Hà

Lĩnh vực: Sinh học thực nghiệm

Nội dung tài liệu:

Luận văn Thạc sĩ này tập trung vào việc ứng dụng tin sinh học để phân tích hệ phiên mã của cây sâm Ngọc Linh (Panax vietnamensis Ha et Grushv.) 4 năm tuổi. Nghiên cứu nhằm mục đích giải trình tự hệ phiên mã đặc hiệu của mô lá và thân rễ, sau đó phân tích, lắp ráp, hiệu chỉnh và chú giải các trình tự này. Các phương pháp tin sinh học được sử dụng để xử lý, tổ chức và giải thích dữ liệu gen lớn, phức tạp thu thập được từ công nghệ giải trình tự thế hệ mới (NGS). Mục tiêu là xây dựng cơ sở dữ liệu hệ phiên mã cho sâm Ngọc Linh, góp phần hỗ trợ đánh giá nguồn gen, bảo tồn và khai thác bền vững loài dược liệu quý hiếm này.

Mục lục chi tiết:

  • DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT
  • DANH MỤC HÌNH
  • DANH MỤC BẢNG
  • MỞ ĐẦU
  • CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU
    • 1.1 GIỚI THIỆU VỀ CHI PANAX VÀ SÂM NGỌC LINH
    • 1.2 GIẢI TRÌNH TỰ DNA THẾ HỆ MỚI TRÊN THẾ GIỚI
    • 1.3 NGHIÊN CỨU GIẢI TRÌNH TỰ HỆ PHIÊN MÃ Ở CÁC LOÀI THUỘC CHI PANAX
    • 1.4 VAI TRÒ CỦA CÁC CÔNG CỤ TIN SINH TRONG PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ HỆ PHIÊN MÃ
  • CHƯƠNG 2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
    • 2.1 VẬT LIỆU
      • 2.1.1 Các mẫu sâm nghiên cứu
      • 2.1.2 Hóa chất, thiết bị
    • 2.2 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
      • 2.2.1 Thu mẫu
        • Phương pháp thu mẫu và bảo quản mẫu nhằm giải trình tự hệ phiên mã
        • Phương pháp tách chiết RNA tổng số
        • Phương pháp tổng hợp cDNA và chuẩn bị thư viện cDNA
        • Giải trình tự hệ phiên mã
      • 2.2.2 Phân tích và lắp ráp trình tự các hệ phiên mã
        • Kiểm tra chất lượng dữ liệu thô sau khi giải trình tự và tiền xử lý số liệu
        • Lắp ráp de novo các đoạn đọc
        • Phân nhóm các đoạn trình tự thành các unigene (Clustering)
        • Dự đoán khung đọc mở (ORF)
        • Ước lượng độ phong phú
      • 2.2.3 Chú giải chức năng hệ phiên mã
        • Chú giải hệ phiên mã dựa trên cơ sở dữ liệu GO
        • Chú giải dựa trên cơ sở dữ liệu EggNOG
        • Chú giải dựa trên cơ sở dữ liệu NT và NR của NCBI
        • Chú giải dựa trên cơ sở dữ liệu KEGG
        • Chú giải dựa trên cơ sở dữ liệu UniProt
        • Chú giải dựa trên cơ sở dữ liệu Pfam
  • CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
    • 3.1 GIẢI TRÌNH TỰ HỆ PHIÊN MÃ ĐẶC HIỆU MÔ LÁ VÀ THÂN RỄ SÂM NGỌC LINH 4 NĂM TUỔI
      • Kết quả tách chiết, tinh sạch RNA tổng số và xây dựng các thư viện cDNA
      • Kết quả giải trình tự hệ phiên mã của mô lá và mô thân rễ sâm Ngọc Linh 4 năm tuổi
    • 3.2 PHÂN TÍCH VÀ LẮP RÁP CÁC HỆ PHIÊN MÃ
      • Kết quả kiểm tra chất lượng các đoạn đọc sau khi trimming
      • Kết quả lắp ráp de novo các hệ phiên mã
      • Kết quả phân nhóm các đoạn trình tự thành các unigene
      • Kết quả dự đoán khung đọc mở
      • Kết quả ước lượng độ phong phú
    • 3.3 CHÚ GIẢI HỆ PHIÊN MÃ CỦA CÁC MÔ SÂM NGỌC LINH 4 NĂM TUỔI
      • Chú giải hệ phiên mã mô lá và thân rễ sâm Ngọc Linh 4 năm tuổi
        • Kết quả chú giải dựa trên cơ sở dữ liệu GO
        • Kết quả chú giải dựa trên cơ sở dữ liệu EggNOG
        • Kết quả chú giải dựa trên cơ sở dữ liệu NT và NR của NCBI
        • Kết quả chú giải dựa trên cơ sở dữ liệu KEGG
        • Kết quả chú giải dựa trên cơ sở dữ liệu UniProt
        • Kết quả chú giải dựa trên cơ sở dữ liệu Pfam
      • Kết quả chú giải các unigene của mẫu mô lá và thân rễ sâm Ngọc Linh 4 năm tuổi
      • Tổng hợp, phân tích và so sánh dữ liệu hệ phiên mã ở mô lá và thân rễ sâm Ngọc Linh 4 năm tuổi
  • CHƯƠNG 4. KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ
    • 4.1 KẾT LUẬN
    • 4.2 KIẾN NGHỊ
  • TÀI LIỆU THAM KHẢO