Báo cáo khoa học: Structure, epitope mapping, and docking simulation of a gibberellin mimic peptide as a peptidyl mimotope for a hydrophobic ligand

Structure, epitope mapping, and docking simulation of a gibberellin mimic peptide as a peptidyl mimotope for a hydrophobic ligand

Tác giả: Takashi Murata, Hikaru Hemmi, Shugo Nakamura, Kentaro Shimizu, Yoshihito Suzuki, Isomaro Yamaguchi

Lĩnh vực: Hóa sinh, Sinh học phân tử, Miễn dịch học

Nội dung tài liệu: Nghiên cứu này trình bày việc xác định cấu trúc không gian 3 chiều của một peptide mô phỏng (mimotope) có tên là SD, hoạt động như một bản sao của gibberellin (GA4), một loại hormone thực vật. Sử dụng kỹ thuật phổ NMR và mô phỏng động lực phân tử, các nhà nghiên cứu đã làm sáng tỏ cấu trúc của peptide SD và xác định vùng epitope (vùng tiếp xúc với kháng thể) bằng phương pháp NMR truyền năng lượng bão hòa (STD-NMR). Đồng thời, các mô phỏng docking đã được thực hiện để hiểu rõ hơn cách peptide SD tương tác với kháng thể đơn dòng kháng GA4 (mAb 4-B8(8)/E9). Kết quả cho thấy peptide SD có cấu trúc dạng β-turn và tương tác mạnh mẽ với kháng thể thông qua các tương tác kỵ nước, chứng minh rằng peptide có thể mô phỏng hiệu quả các ligand kỵ nước.

Mục lục chi tiết:

• Structure, epitope mapping, and docking simulation of a gibberellin mimic peptide as a peptidyl mimotope for a hydrophobic ligand
• Keywords
• Correspondence
• Note
• Abbreviations
• Introduction
• Results
• 1D ¹H-NMR spectra of two synthetic cyclized decapeptides
• Resonance assignments of peptide SD
• Conformation of the major conformer of peptide SD
• Interactions of peptide SD with mAb 4-B8(8)/E9 by STD-NMR experiments
• Docking simulation between the conformation of peptide SD and the mAb
• Discussion
• Experimental procedures
• Sample preparation
• NMR spectroscopy
• Structure calculations
• Docking simulation
• References