Báo cáo khoa học: In silico analysis of the adenylation domains of the freestanding enzymes belonging to the eucaryotic nonribosomal peptide synthetase-like family

In silico analysis of the adenylation domains of the freestanding enzymes belonging to the eucaryotic nonribosomal peptide synthetase-like family

Tác giả: Leonardo Di Vincenzo, Ingeborg Grgurina, Stefano Pascarella

Lĩnh vực: Sinh hóa phân tử, Tin sinh học

Nội dung tài liệu: Nghiên cứu này trình bày phân tích tính toán các đặc điểm phân tử chung giữa các miền adenyl hóa của các enzyme tổng hợp peptide phi ribosom truyền thống và nhóm các enzyme tương tự đứng độc lập. Kết quả so sánh trình tự có hệ thống cho phép kết luận rằng một mã đặc hiệu, tương tự như mã đã mô tả cho NRPS, có thể được nhận dạng trong các enzyme này. Vai trò cấu trúc và chức năng của các gốc còn lại tham gia vào việc lựa chọn và liên kết cơ chất được đề xuất thông qua phân tích các tương tác dự đoán của các vị trí hoạt động mô hình và cơ chất tương ứng của chúng. Các chỉ số thu được từ nghiên cứu này có thể hữu ích cho việc lập trình các thí nghiệm nhằm mục đích đặc trưng hóa tốt hơn và kỹ thuật hóa nhóm các module NRPS đơn lẻ đang nổi lên này, chịu trách nhiệm cho việc lựa chọn, kích hoạt và sửa đổi axit amin mà không có các thành phần dây chuyền lắp ráp NRPS khác.

Mục lục chi tiết:

• In silico analysis of the adenylation domains of the freestanding enzymes belonging to the eucaryotic nonribosomal peptide synthetase-like family
• Keywords
• Correspondence
• Abstract
• Abbreviations
• Nonribosomal peptide synthetases (NRPSs) are multi-domain, multifunctional enzymes involved in the biosynthesis of many bioactive microbial peptides [1,2].
• A domain is involved in the selection and activation of the amino acid substrate, which is then covalently attached to the enzyme via a thioester bond with the phosphopantetheine residue of the T domain.
• Adenylation domains of freestanding NRPS enzymes
• Results and Discussion
• Databank searches and sequence comparison
• Fig. 1. Multiple sequence alignment of adenylation domains.
• Modelling of active sites and docking studies
• Fig. 3. Model structure of Ebony from Drosophila melanogaster.
• Fig. 4. Model structure of the active site of Lys2 from Saccharomyces cerevisiae.
• Fig. 5. Model structure of AASDH from Homo sapiens.
• Experimental procedures
• Databank searches, gene prediction, sequence comparisons and evolutionary analysis
• Molecular modelling and docking studies
• Acknowledgements
• References