Báo cáo khóa học: Hydrolytic cleavage by a group I intron ribozyme is dependent on RNA structures not important for splicing

Hydrolytic Cleavage by a Group I Intron Ribozyme is Dependent on RNA Structures Not Important for Splicing

Tác giả: Peik Haugen, Morten Andreassen, Ása B. Birgisdottir, and Steinar Johansen

Lĩnh vực: Molecular Biotechnology, Institute of Medical Biology, University of Tromsø, Norway; Faculty of Fisheries and Natural Sciences, Bodø Regional University, Norway

Nội dung tài liệu: Nghiên cứu này tập trung vào ribozyme DiGIR2, một loại ribozyme tự cắt ghép nhóm I có nguồn gốc từ intron twin-ribozyme Dir.S956-1 trong DNA ribosome của Didymium. DiGIR2 đóng vai trò quan trọng trong việc cắt ghép intron, nối exon, thủy phân tại vị trí 3′-splice site (3′-SS), và hình thành vòng intron có độ dài đầy đủ. Các kết quả thực nghiệm chỉ ra rằng quá trình thủy phân tại 3′-SS của DiGIR2 phụ thuộc vào các yếu tố cấu trúc trong vùng P9 không cần thiết cho quá trình cắt ghép. Cụ thể, cấu trúc vòng GCGA tetra-loop trong P9b và cấu trúc kẹp tóc P9.2, bao gồm các nucleotide adenosine ở vòng cuối L9.2 và motif kink-turn ở đoạn thân gần, được xác định là quan trọng đối với phản ứng thủy phân. Các yếu tố này được đề xuất là các yếu tố điều hòa chính trong các con đường phản ứng cắt ghép và thủy phân.

Mục lục chi tiết:

• Plasmid constructions and in vitro mutagenesis
• In vitro transcription, splicing and hydrolysis reactions
• Computations
• Results and discussion
• The 3′ exon sequences are not essential for hydrolysis at the 3′-splice site
• GNRA to UUCG substitution of L9b, but not L6, results in reduced 3′-SS hydrolysis
• Search for an L9b tetra-loop receptor motif in P5
• Deletion of P9.2 dramatically reduces 3′-SS hydrolysis
• Nucleotide positions within the L9.2 are essential for hydrolysis
• Functional implications of P9.2 in hydrolysis