Xem trước tài liệu

Đang tải tài liệu...

Thông tin chi tiết tài liệu

Định dạng: PDF
Số trang: 11 trang
Dung lượng: 223 KB

Giới thiệu nội dung

Aptamers to Escherichia coli core RNA polymerase that sense its interaction with rifampicin, σ-subunit and GreB

Tác giả: Andrey Kulbachinskiy, Andrey Feklistov, Igor Krasheninnikov, Alex Goldfarb, Vadim Nikiforov

Lĩnh vực: Sinh học phân tử, Hóa sinh

Nội dung tài liệu: Nghiên cứu này trình bày việc phát triển các aptamer ssDNA mới nhắm mục tiêu vào enzyme RNA polymerase (RNAP) của vi khuẩn Escherichia coli. Các aptamer này được tạo ra thông qua các phương pháp lựa chọn in vitro và có khả năng tương tác với RNAP, bao gồm cả việc cảm nhận sự tương tác của enzyme này với các phân tử khác như rifampicin, tiểu đơn vị σ và yếu tố điều hòa GreB. Các kết quả cho thấy các aptamer này có thể được sử dụng như các công cụ hữu ích để nghiên cứu cơ chế phiên mã và sự linh hoạt về cấu trúc của RNAP, đặc biệt là trong việc tìm hiểu sự tương tác của enzyme với các phối tử và các yếu tố điều hòa khác nhau.

Mục lục chi tiết:

  • Giới thiệu
  • Aptamers to Escherichia coli core RNA polymerase that sense its interaction with rifampicin, σ-subunit and GreB
  • Keywords: aptamers; conformational changes; elongation complex; GreB; RNA polymerase.
  • DNA-directed RNA polymerase (RNAP, EC 2.7.7.6) is a complex molecular machine…
  • Structural features of RNAP
  • Materials and methods
  • Proteins
  • Selection of aptamers to Eco core RNAP
  • Minimal nucleic acid scaffold (MS)
  • Results
  • Selection of aptamers to Eco core RNAP – conventional vs. site-directed SELEX
  • Aptamers bind Eco core RNAP with high affinity and inhibit the enzyme’s activity
  • Aptamers interact with distinct sites inside the main channel of core RNAP
  • Effect of rifampicin on the binding of aptamers
  • The σ70-subunit and GreB suppress the interaction of the core RNAP with aptamers
  • MS, Rif and the σ70-subunit do not affect the stability of RNAP-aptamer complexes while GreB promotes their rapid dissociation
  • Specific and nonspecific interactions of aptamers with the RNAP main channel
  • Discussion
  • Acknowledgements
  • References