Amino Acid Substitution Model For Rotavirus

Amino Acid Substitution Model For Rotavirus

Tác giả: NGUYEN DUC CANH

Lĩnh vực: Computer Science

Nội dung tài liệu:

Nghiên cứu này tập trung vào việc mô hình hóa quá trình tiến hóa của protein, đặc biệt là sử dụng mô hình thay thế axit amin.
Một phương pháp phổ biến để ước tính sự tiến hóa của protein là sử dụng mô hình thay thế axit amin,
cho phép xác định tốc độ tức thời mà một axit amin thay đổi thành một axit amin khác.
Các mô hình hiện có như JTT, WAG và LG đã được ước tính từ dữ liệu của nhiều loài.
Tuy nhiên, các nghiên cứu gần đây chỉ ra rằng các mô hình này có thể không phù hợp cho việc phân tích một số loài cụ thể.
Trong bối cảnh thế giới chứng kiến nhiều dịch bệnh do virus gây ra, bao gồm cả rotavirus,
cần thiết phải có các mô hình để nghiên cứu sự tiến hóa của các loại virus này.
Luận văn này đề xuất mô hình ROTA, được ước tính đặc biệt cho việc mô hình hóa sự tiến hóa của rotavirus,
sử dụng dữ liệu từ Tài nguyên Bộ gen Virus tại Trung tâm Thông tin Công nghệ Sinh học Quốc gia (NCBI).
Phân tích cho thấy sự khác biệt đáng kể giữa ROTA và các mô hình hiện có về tần suất axit amin,
hệ số trao đổi và các cây phát sinh chủng loại suy luận được.
Các thí nghiệm chứng minh rằng ROTA mô tả tốt hơn các mẫu hình tiến hóa của rotavirus so với các mô hình khác
và nên hữu ích trong hầu hết các hệ thống yêu cầu mô tả chính xác về sự tiến hóa của rotavirus.

Mục lục chi tiết:

• Abstract
• Acknowledgements
• Declaration
• Table of Contents
• Acronyms
• List of Figures
• List of Tables
• Introduction
• Chapter 1: Background
  • 1.1 Sequence evolution
    • 1.1.1 Heredity materials
    • 1.1.2 Evolution and homologous sequences
  • 1.2 Modeling sequence evolution
    • 1.2.1 Sequence alignment
    • 1.2.2 General time-reversible substitution model
    • 1.2.3 Model of rate heterogeneity
    • 1.2.4 Available amino acid substitution models
  • 1.3 Phylogenetic trees
    • 1.3.1 Overview
    • 1.3.2 Phylogenetic tree reconstruction
    • 1.3.3 Robinson-Foulds distance
    • 1.3.4 Phylogenetic hypothesis testing
• Chapter 2: Method
  • 2.1 Modeling method
  • 2.2 Model estimation process
• Chapter 3: Results and discussion
  • 3.1 Data preparation
  • 3.2 Model analysis
  • 3.3 Performance on testing alignments
  • 3.4 Tree topology analysis
    • 3.4.1 Robinson-Foulds distance
    • 3.4.2 Shimodaira-Hasegawa test
  • 3.5 Protein-specific models
• Conclusions
• References
• A ROTA model