Báo cáo khoa học: Structure, linkage mapping and expression of the heart-type fatty acid-binding protein gene (fabp3 ) from zebrafish (Danio rerio)

Structure, linkage mapping and expression of the heart-type fatty acid-binding protein gene (fabp3) from zebrafish (Danio rerio)

Tên đề tài: Structure, linkage mapping and expression of the heart-type fatty acid-binding protein gene (fabp3) from zebrafish (Danio rerio)

Tác giả: Rong-Zong Liu, Eileen M. Denovan-Wright, Jonathan M. Wright

Lĩnh vực: Sinh học, Dược lý học

Nội dung tài liệu: Nghiên cứu này trình bày việc xác định trình tự nucleotide cDNA, suy luận trình tự axit amin và định nghĩa cấu trúc gen cho protein liên kết axit béo loại tim (H-FABP) hoặc protein liên kết axit béo 3 (FABP3) từ cá ngựa vằn (Danio rerio). Gen fabp3 ở cá ngựa vằn có đặc điểm tương đồng cao về trình tự axit amin với FABP loại tim ở cá và động vật có vú. Nghiên cứu cũng đã xác định các vị trí polyadenylation thay thế và ba vị trí khởi đầu phiên mã. Phân tích Southern blot và lai cho thấy chỉ có một gen fabp3 tồn tại trong bộ gen của cá ngựa vằn. Cấu trúc gen fabp3 ở cá ngựa vằn bao gồm bốn exon và ba intron, với cấu trúc exon/intron và khả năng mã hóa giống với các gen H-FABP ở động vật có vú. Phân tích bản đồ lai bằng bức xạ đã gán gen fabp3 của cá ngựa vằn vào nhóm liên kết 19. Phân tích so sánh bộ gen cho thấy sự tương đồng về bộ gen bảo tồn giữa gen fabp3 của cá ngựa vằn và các gen fabp3 tương đồng ở người và chuột. Phân tích Northern blot đã phát hiện một bản phiên mã mRNA có kích thước 780 nucleotide. Lai tại chỗ bằng đầu dò oligonucleotide đặc hiệu cho fabp3 đã tiết lộ rằng mRNA fabp3 được khu trú chủ yếu ở buồng trứng và gan, khác với các báo cáo về gen H-FABP ở động vật có vú. Tuy nhiên, RT-PCR đã phát hiện mRNA fabp3 ở tất cả các mô được kiểm tra. Phân tích trình tự vùng thượng nguồn 5′ của gen fabp3 cá ngựa vằn cho thấy có một số yếu tố cis có thể liên quan đến biểu hiện gen fabp3 ở buồng trứng và gan.

Mục lục chi tiết: (Trích xuất tự động từ file gốc)

• Structure, linkage mapping and expression of the heart-type fatty acid-binding protein gene (fabp3) from zebrafish (Danio rerio)
• Keywords: FABP gene; oocyte; tissue-specific expression; cis element; linkage mapping.
• Intracellular fatty acid-binding proteins (FABP) and the related cellular retinol and retinoic acid binding proteins (CRBP and CRABP, respsectively) are low molecular mass (≈ 15 kDa) polypeptides encoded by a multigene family, hereafter collectively referred to as the intracellular lipid-binding protein (ILBP) family [reviewed in 1-3].
• Correspondence to J. M. Wright, Department of Biology, Dalhousie University, Halifax, Nova Scotia, Canada, B3H 4H7.
• Abbreviations: FABP, fatty acid binding protein; FABP3, heart-type fatty acid-binding protein; CRBP, cellular retinol binding protein; CRABP, cellular retinoic acid binding protein; ILBP, intracellular lipid binding protein; RLM-RACE, RNA ligase-mediated RACE; CIP, calf intestinal phosphatase; TAP, tobacco acid pyrophosphatase; RH, radiation hybrid; mya, million years ago; EST, expressed sequence tag.
• (Received 17 March 2003, revised 30 May 2003, accepted 5 June 2003)
• Growth and maintenance of zebrafish adults and embryos
• Cloning of fabp3 cDNAs from zebrafish
• RT-PCR
• Southern blot and hybridization
• DNA sequence and structure of the zebrafish fabp3 gene
• Multiple transcription start sites for the zebrafish fabp3 gene
• Assignment of the zebrafish fabp3 gene to linkage group 19
• Tissue-specific expression of the fabp3 gene in zebrafish
• Potential 5′ cis regulatory elements of the zebrafish fabp3 gene
• Discussion
• Acknowledgements
• References