Báo cáo khóa học: Mutational and computational analysis of the role of conserved residues in the active site of a family 18 chitinase

Mutational and Computational Analysis of the Role of Conserved Residues in the Active Site of a Family 18 Chitinase

Tác giả: Bjørnar Synstad, Sigrid Gåseidnes, Daan M. F. van Aalten, Gert Vriend, Jens E. Nielsen, and Vincent G. H. Eijsink

Lĩnh vực: Hóa sinh, Sinh học phân tử

Nội dung tài liệu: Nghiên cứu này tập trung vào việc phân tích vai trò của các gốc axit amin được bảo tồn trong vị trí hoạt động của enzyme chitinase thuộc họ 18 từ vi khuẩn *Serratia marcescens*. Thông qua các thí nghiệm biến đổi gen và phân tích tính toán, các nhà nghiên cứu đã đề xuất vai trò của bảy gốc axit amin quan trọng trong quá trình xúc tác. Kết quả cho thấy rằng axit glutamic (Glu144) đóng vai trò là axit xúc tác và có sự thay đổi pKa trong quá trình xúc tác. Axit aspartic (Asp142) cũng đóng vai trò quan trọng trong việc định hình chất nền và tương tác với Glu144. Các gốc axit amin khác như Tyr10, Ser93, Asp215, Tyr214 cũng được xác định là có ảnh hưởng đến hoạt động của enzyme, thông qua việc ổn định điện tích, định vị chất nền hoặc làm biến dạng đường cong hoạt động theo pH. Nghiên cứu nhấn mạnh rằng quá trình xúc tác của chitinase họ 18 phụ thuộc vào sự tương tác phức tạp giữa nhiều gốc axit amin, bao gồm cả sự linh động của chúng và tương tác với chất nền.

Mục lục chi tiết:

• Introduction
• Materials and methods
• Genetic techniques
• Production and purification of wildtype and mutated ChiB
• Enzyme assays
• Results and discussion
• Mutational effects
• pKa calculations
• Roles of conserved residues in the catalytic mechanism deduced from experimental and computational data
• Glu144 and Asp142
• Tyr10 and Ser93
• Asp140
• Asp215
• Tyr214
• Concluding remarks
• Acknowledgements
• References