Xem trước tài liệu

Đang tải tài liệu...

Thông tin chi tiết tài liệu

Định dạng: PDF
Số trang: 27 trang
Dung lượng: 494 KB

Giới thiệu nội dung

Phương Pháp Tính Toán Thông Minh Giải Một Số Bài Toán Tin Sinh

Tác giả: Hoàng Thị Điệp

Lĩnh vực: Khoa học Máy tính

Nội dung tài liệu:

Luận án tiến sĩ này tập trung vào các phương pháp tính toán thông minh để giải quyết các bài toán trong lĩnh vực tin sinh học, đặc biệt là việc xây dựng cây tiến hóa và tính toán bootstrap để đánh giá độ tin cậy của cây. Luận án đề xuất các phương pháp mới nhằm cải thiện tốc độ và độ chính xác so với các phương pháp truyền thống, đồng thời xử lý các vấn đề như vi phạm giả thiết mô hình và hiện tượng đa phân, mở rộng khả năng ứng dụng cho dữ liệu bộ gen.

Mục lục chi tiết:

  • MỞ ĐẦU
    • 1. Tính cấp thiết của luận án
    • 2. Mục tiêu của luận án
    • 3. Các đóng góp của luận án
    • 4. Bố cục của luận án
  • Chương 1 BÀI TOÁN BOOTSTRAP CÂY TIẾN HÓA
    • 1.1 Một số khái niệm cơ bản trong tiến hóa phân tử
      • 1.1.1 Thông tin di truyền
      • 1.1.2 Sắp hàng đa chuỗi
      • 1.1.3 Cây tiến hóa
      • 1.1.4 Xây dựng cây tiến hóa
        • 1.1.4.1 Tiêu chuẩn tiết kiệm nhất (maximum parsimony – MP)
        • 1.1.4.2 Tiêu chuẩn hợp lý nhất (maximum likelihood – ML)
        • 1.1.4.3 Một số kĩ thuật biến đổi cục bộ trên cây dùng trong xây dựng cây tiến hóa
      • 1.1.5 Mô hình tiến hóa
        • 1.1.5.1 Ma trận tốc độ biến đổi tức thì
        • 1.1.5.2 Một số mô hình biến đổi nucleotide
        • 1.1.5.3 Tính không đồng nhất của tốc độ biến đổi giữa các vị trí trên trình tự
      • 1.1.6 Giới thiệu phương pháp bootstrap trong thống kê
    • 1.2 Bài toán bootstrap cây tiến hóa
      • 1.2.1 Phát biểu bài toán
      • 1.2.2 Các tiêu chí đánh giá một phương pháp bootstrap cây tiến hóa
        • 1.2.2.1 Đánh giá thời gian chạy
        • 1.2.2.2 Đánh giá độ chính xác
        • 1.2.2.3 Các tiêu chí khác
    • 1.3 Các nghiên cứu bootstrap cây tiến hóa
  • Chương 2 PHƯƠNG PHÁP UFBOOT2 CHO BÀI TOÁN BOOTSTRAP CÂY TIẾN HÓA THEO TIÊU CHUẨN HỢP LÝ NHẤT
    • 2.1 Bootstrap cây tiến hóa theo tiêu chuẩn hợp lý nhất
      • Xây dựng cây tiến hóa theo tiêu chuẩn hợp lý nhất
    • 2.2 Xấp xỉ nhanh bootstrap cây tiến hóa theo tiêu chuẩn ML: Thuật toán UFBoot
      • 2.2.1 Tóm tắt ý tưởng
      • 2.2.2 Công thức RELL
      • 2.2.3 Giả mã của thuật toán UFBoot
    • 2.3 Tính độ hợp lý (likelihood) cho một cây: Thuật toán pruning
      • 2.3.1 Tính likelihood cho một cây theo định nghĩa
      • 2.3.2 Tính likelihood cho một cây theo thuật toán pruning