Báo cáo khoa học: MR solution structure of the precursor for carnobacteriocin B2, an antimicrobial peptide fromCarnobacterium piscicola Implications of the a-helical leader section for export and inhibition of type IIa bacteriocin activity

NMR Solution Structure of the Precursor for Carnobacteriocin B2, an Antimicrobial Peptide from Carnobacterium Piscicola

Tác giả: Tara Sprules, Karen E. Kawulka, Alan C. Gibbs, David S. Wishart, John C. Vederas

Lĩnh vực: Hóa sinh, Sinh học phân tử

Nội dung tài liệu:
Nghiên cứu này trình bày cấu trúc không gian ba chiều (3D) của dạng tiền chất (precursor) của carnobacteriocin B2 (preCbnB2), một peptide kháng khuẩn loại IIa được phân lập từ vi khuẩn lactic. Bằng phương pháp hóa tổng hợp và sản xuất protein tái tổ hợp, cấu trúc của preCbnB2 đã được xác định thông qua các kỹ thuật cộng hưởng từ hạt nhân (NMR). Kết quả cho thấy preCbnB2 tồn tại dưới dạng cuộn ngẫu nhiên (random coil) trong nước nhưng hình thành cấu trúc xác định trong hỗn hợp nước/trifluoroethanol, tương tự như bacteriocin trưởng thành. Nghiên cứu cũng chỉ ra rằng preCbnB2 chứa hai vùng xoắn alpha (α-helical), một ở phần tiền peptide (leader peptide) và một ở phần bacteriocin trưởng thành. Cấu trúc này cung cấp cái nhìn sâu sắc về cơ chế hoạt động, khả năng ức chế và vai trò của tiền peptide trong quá trình vận chuyển và xử lý bacteriocin, góp phần hiểu rõ hơn về tương tác protein trong vận chuyển, xử lý và hoạt động kháng khuẩn.

Mục lục chi tiết:

• NMR solution structure of the precursor for carnobacteriocin B2, an antimicrobial peptide from Carnobacterium piscicola
• Implications of the α-helical leader section for export and inhibition of type IIa bacteriocin activity
• Keywords: antibacterials; bacteriocin; NMR structure; peptide synthesis; precarnobacteriocin B2.
• Correspondence to J. C. Vederas…
• Abbreviations…
• Table 1. Comparison of the amino acid sequence of selected type IIa bacteriocins…
• Structure calculations
• Results and discussion
• Production of target peptides
• Structure of preCbnB2
• Fig. 1. 15N HSQC of preCbnB2…
• Fig. 2. Solution structure of preCbnB2 in 70% trifluoroethanol…
• Fig. 3. Amphipathic α-helical structure in PreCbnB2…
• Fig. 4. Superimposition of preCbnB2 structures…
• Acknowledgements
• References
• Supplementary material