Báo cáo khoa học: Modular metabolic control analysis of large responses The general case for two modules and one linking intermediate

Modular metabolic control analysis of large responses

Tác giả: Luis Acerenza and Fernando Ortega

Lĩnh vực: Sinh học hệ thống, Hóa sinh, Kỹ thuật sinh học.

Nội dung tài liệu:
Nghiên cứu này phát triển một phương pháp phân tích điều khiển trao đổi chất theo module cho các phản ứng lớn, không dựa trên các giả định về thay đổi vô cùng nhỏ hoặc tỷ lệ thuận giữa các tham số và tốc độ. Phương pháp này định nghĩa hệ số điều khiển và hệ số đàn hồi cho các thay đổi lớn, đồng thời đưa ra các ràng buộc như định lý tổng và các mối quan hệ cho phép tính toán hệ số điều khiển từ hệ số đàn hồi. Nghiên cứu chỉ ra cách xác định các hệ số này từ các thí nghiệm “top-down”, đo lường tốc độ của các module riêng lẻ dưới dạng hàm của chất trung gian liên kết. Phương pháp này được áp dụng cho dữ liệu từ hai nghiên cứu thực nghiệm trong tài liệu, cho thấy những sai sót nghiêm trọng của phương pháp vô cùng nhỏ khi áp dụng cho các thay đổi lớn.

Mục lục chi tiết:

• Introduction
• Keywords
• Correspondence
• Note
• Modular metabolic control analysis of large responses
• The general case for two modules and one linking intermediate
• Results
• The modular approach to large metabolic responses
• Quantification of metabolic responses
• Parameter changes
• Relationships between system properties and module properties
• Calculation of systemic responses from top-down experiments
• Analysis of experimental cases
• Discussion
• Acknowledgements
• References
• Appendix