Khai thác dữ liệu EST (Expressed Sequence Tags) nhằm phát hiện microsatellite phục vụ cho công tác so sánh và phân tích đặc điểm di truyền của ong mật

Khai thác dữ liệu EST (Expressed Sequence Tags) nhằm phát hiện microsatellite phục vụ cho công tác phân tích và so sánh đặc điểm di truyền của ong mật

Tác giả: TRẦN NGỌC VIỆT

Lĩnh vực: CÔNG NGHỆ SINH HỌC

Nội dung tài liệu:

Khóa luận tốt nghiệp này tập trung vào việc khai thác dữ liệu EST (Expressed Sequence Tags) để phát hiện các marker microsatellite. Mục tiêu là xây dựng phương pháp nhận diện microsatellite từ dữ liệu EST, thiết kế primer cho phản ứng PCR để khuếch đại trình tự microsatellite đặc trưng, và so sánh, lựa chọn các công cụ tin học phù hợp. Nghiên cứu này nhằm cung cấp cơ sở cho việc phân tích và so sánh đặc điểm di truyền của ong mật, hỗ trợ mở rộng nghề nuôi ong tại Việt Nam. Đề tài cũng giới thiệu tổng quan về ong mật, cấu tạo cơ thể, các sản phẩm từ ong mật, cũng như nguồn gốc và phương pháp tạo EST, microsatellite, ngôn ngữ lập trình Perl và các khái niệm liên quan đến tin sinh học.

Mục lục chi tiết:

• Trang tựa
• Lời cảm tạ
• Tóm tắt
• Mục lục
• Danh sách các chữ viết tắt
• Danh sách các bảng
• Danh sách các hình
• 1. MỞ ĐẦU
  • 1.1. Đặt vấn đề
  • 1.2. Mục đích và yêu cầu nghiên cứu
    • 1.2.1. Mục đích nghiên cứu
    • 1.2.2. Yêu cầu nghiên cứu
  • 1.3. Giới hạn
• 2. TỔNG QUAN TÀI LIỆU
  • 2.1. Giới thiệu chung về ong mật
    • 2.1.1. Cấu tạo cơ thể của ong mật
      • 2.1.1.1. Hình thái cơ thể
      • 2.1.1.2. Các cơ quan bên trong
    • 2.1.2. Tổ chức của đàn ong
    • 2.1.3. Yêu cầu dinh dưỡng của ong
    • 2.1.4. Các sản phẩm của ong mật
      • 2.1.4.1. Mật ong
      • 2.1.4.2. Phấn hoa
      • 2.1.4.3. Sữa ong chúa
      • 2.1.4.4. Sáp ong
  • 2.2. Nguồn gốc EST (Expressed Sequence Tags)
    • 2.2.1. EST là gì?
    • 2.2.2. Phương pháp tạo EST
  • 2.3. Microsatellite là gì?
    • 2.3.1. Các dạng microsatellite
    • 2.3.2. Cơ chế hình thành microsatellite
    • 2.3.3. Ứng dụng của microsatellite
    • 2.3.4. Marker phân tử (molecular markers)
    • 2.3.5. Vì sao chọn marker microsatellite?
  • 2.4. Ngôn ngữ lập trình Perl (Practical Extraction and Reporting Language)
    • 2.4.1. Nguồn gốc của Perl
    • 2.4.2. Cấu trúc của Perl
    • 2.4.2.1. Dữ liệu vô hướng (scala data)
    • 2.4.2.2. Cấu trúc điều khiển
    • 2.4.2.3. Các List, Array và Hash
    • 2.4.2.4. Dòng chương trình và các thường trình con
    • 2.4.2.5. Package và Module
  • 2.5. Giới thiệu về mồi (primer)
    • 2.5.1. Khái quát về mồi
    • 2.5.2. Đặc điểm của mồi
      • 2.5.2.1. Tính chuyên biệt
      • 2.5.2.2. Tính ổn định
      • 2.5.2.3. Tính tương thích
  • 2.6. Tin sinh học
    • 2.6.1. Khái niệm tin sinh học
    • 2.6.2. Các lĩnh vực nghiên cứu chính của tin sinh học
      • 2.6.2.1. Genomics – Hệ gen học
      • 2.6.2.2. Sinh học tiến hóa
      • 2.6.2.3. Phân tích chức năng gen
• 3. PHƯƠNG TIỆN VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
  • 3.1. Thời gian và địa điểm tiến hành nghiên cứu
    • 3.1.1. Thời gian nghiên cứu
    • 3.1.2. Địa điểm nghiên cứu
  • 3.2. Vật liệu và công cụ nghiên cứu
    • 3.2.1. Vật liệu nghiên cứu
    • 3.2.2. Công cụ nghiên cứu
  • 3.3. Phương pháp tiến hành nghiên cứu
    • 3.3.1. Quy trình nghiên cứu tổng quát
    • 3.3.2. Phương pháp nghiên cứu
      • 3.3.2.1. Sơ đồ các bước tiến hành nghiên cứu
      • 3.3.2.2. Các bước tiến hành nghiên cứu chi tiết
• 4. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
  • 4.1. Kết quả tìm kiếm và tải trình tự EST về máy tính cá nhân
    • 4.1.1. Kết quả tìm kiếm EST
    • 4.1.2. Kết quả tải trình tự EST về máy tính cá nhân
  • 4.2. Kết quả tìm và phân loại microsatellite
    • 4.2.1. Kết quả tìm microsatellite qua xử lý của EST_TRIMMER
    • 4.2.2 Kết quả xử lý qua MISA
  • 4.3. Kết quả thiết kế primer
    • 4.3.1. Kết quả thiết kế primer qua 6 Script Perl
    • 4.3.2. Kết quả so sánh và chọn lọc primer được thiết kế
• 5. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ
  • 5.1. Kết luận
    • 5.1.1. Sơ đồ phương pháp thực hiện
    • 5.1.2. Kết quả đạt được
  • 5.2. Đề nghị
• 6. TÀI LIỆU THAM KHẢO
• 7. PHỤ LỤC