Báo cáo khoa học: High levels of structural disorder in scaffold proteins as exemplified by a novel neuronal protein, CASK-interactive protein1

High levels of structural disorder in scaffold proteins as exemplified by a novel neuronal protein, CASK-interactive protein 1

Tác giả: Annamária Balázs, Veronika Csizmok, László Buday, Marianna Rakács, Robert Kiss, Mónika Bokor, Roopesh Udupa, Kálmán Tompa and Peter Tompa

Lĩnh vực: Biochemistry, Molecular Biology

Nội dung tài liệu: Nghiên cứu này khám phá mức độ rối loạn cấu trúc cao trong các protein khung, đặc biệt tập trung vào protein tương tác CASK (Caskin1), một protein mới được xác định ở vùng dày đặc sau synap của neuron. Dù vùng N-terminal của Caskin1 chứa các miền chức năng đã biết, vùng C-terminal giàu proline kéo dài lại thiếu sự tương đồng trình tự với bất kỳ protein nào đã biết. Bằng cách sử dụng nhiều kỹ thuật, bao gồm dự đoán tin sinh học, phổ CD, phổ NMR và sắc ký lọc gel, nghiên cứu đã cung cấp bằng chứng cho thấy vùng giàu proline của Caskin1 có cấu trúc rối loạn nội tại và vẫn có chức năng sinh hóa, tương tác với protein điều hợp Abl-interactor-2. Mở rộng phạm vi nghiên cứu, 74 protein khung khác cũng được phân tích và cho thấy một tỷ lệ lớn các axit amin rơi vào tình trạng rối loạn cục bộ. Kết quả này gợi ý rằng các vùng rối loạn cấu trúc chiếm ưu thế và đóng vai trò nhận dạng quan trọng trong các protein khung.

Mục lục chi tiết:

• Structured digital abstract
• Abbreviations
• Introduction
• Results
• Structural characterization of Caskin1 fragments
• The proline-rich regions of Caskin1 interact with Abi2
• Caskin1 is a scaffold protein
• Prediction of disorder in scaffold proteins
• Discussion
• Materials and methods
• DNA constructs
• Protein purification
• CD measurements
• Gel filtration chromatography
• NMR spectroscopy
• Wide-line NMR spectrometry
• Antibodies and cell lines
• Transient transfection
• Protein precipitation and western blotting
• Collection of scaffold proteins and bioinformatics predictions
• Acknowledgements
• References
• Supporting information