Báo cáo khoa học: Gene expression waves Cell cycle independent collective dynamics in cultured cells

Gene expression waves: Cell cycle independent collective dynamics in cultured cells

Tác giả: Masa Tsuchyia, Sum T. Wong, Zhen X. Yeo, Alfredo Colosimo, Maria C. Palumbo, Lorenzo Farina, Marco Crescenzi, Alessia Mazzola, Rodolfo Negri, Michele M. Bianchi, Kumar Selvarajoo, Masaru Tomita and Alessandro Giuliani

Lĩnh vực: Sinh học phân tử, Sinh học hệ thống, Sinh học tế bào

Nội dung tài liệu: Nghiên cứu này khám phá động lực tập thể của biểu hiện gen trong các quần thể tế bào nuôi cấy, cho thấy sự đồng bộ hóa trong biểu hiện gen xảy ra độc lập với chu kỳ tế bào. Các tác giả đã phân tích dữ liệu biểu hiện gen từ nhiều loại tế bào, bao gồm nấm men và tế bào động vật có vú, để chứng minh rằng các nền văn hóa tế bào thể hiện một loại “sinh thái trên đĩa petri” với động lực biểu hiện gen phong phú. Động lực này không phụ thuộc vào chu kỳ sinh sản, điều này mâu thuẫn với các giả định về tính ngẫu nhiên đơn giản. Đặc điểm không đặc hiệu của hoạt động biểu hiện gen phối hợp này cho thấy sự cần thiết phải xem xét các ảnh hưởng của quần thể khi diễn giải dữ liệu từ các nuôi cấy tế bào.

Mục lục chi tiết:

• Keywords
• Correspondence
• Abbreviation
• The ergodic hypothesis, which assumes the independence of each cell of the ensemble from all the others, is a necessary prerequisite to attach single cell based explanations to the grand averages taken from population data.
• Much of the success in molecular genetics has been accomplished by setting aside the concerns about the possible existence of a collective organized behaviour of cultured cells.
• Results
• Synchronous and asynchronous ribogenesis related gene expression data of yeast possess ordered dynamics
• Synchronous and asynchronous randomly selected gene expression data of yeast possess ordered dynamics
• Genome wide oscillatory behaviour observed with no specific link to a physiological role in yeast
• Human fibroblasts cell cycle independent ordered dynamics
• HeLa cells display whole genome cell cycle independent ordered dynamics
• Discussion
• Some basic features of the observed dynamics worthy of further comment
• Experimental procedures
• The data sets
• Statistical methods
• Acknowledgements
• References