Báo cáo Y học: Determination of the consensus binding sequence for the purified embryonic heat shock factor 2

Determination Of The Consensus Binding Sequence For The Purified Embryonic Heat Shock Factor 2

Tác giả: Martine Manuel, Murielle Rallu, Marie-Thérèse Loones, Vincenzo Zimarino, Valérie Mezger, and Michel Morange

Lĩnh vực: Sinh học phân tử

Nội dung tài liệu: Nghiên cứu này tập trung vào việc xác định trình tự liên kết đồng thuận cho yếu tố phiên mã sốc nhiệt 2 (HSF2) có nguồn gốc từ phôi thai. Các nhà nghiên cứu đã sử dụng phương pháp tiến hóa có chọn lọc ligand theo cấp số nhân (SELEX) để xác định trình tự này. Kết quả cho thấy HSF2 từ phôi thai ưu tiên liên kết với các trình tự chứa ba hoặc bốn pentamer lặp lại theo chiều nghịch của nGAAm, và trình tự liên kết tối ưu của nó bao gồm lõi đối xứng 8-mer là 5′-TTCTAGAA-3′. Việc xác định trình tự liên kết đồng thuận này được kỳ vọng sẽ hỗ trợ đáng kể trong việc nhận diện các mục tiêu mới của yếu tố này trong quá trình phát triển và biệt hóa.

Mục lục chi tiết:

• Introduction
• Materials and Methods
• Oligonucleotides
• Embryonal carcinoma (EC) cell culture, acquisition of tumors in 129 mice and purification of HSF factors
• SDS/PAGE and Western-blot analysis
• Electromobility shift assays (EMSA)
• Analysis of HSF2 thermosensitivity properties
• Multiple probes band shift assay
• SELEX assay
• Preparation of a random sequence library
• Selection and amplification of sequences that bind HSF2
• Cloning of the products of selection
• Sequencing of the products of selection
• Results
• Purification of mHSF2 protein from EC cells
• The purified embryonic HSF2 protein displays a different thermosensitivity than the i.v.s. factor
• The purified i.v.s. and embryonic HSF2 proteins exhibit differences of cooperativity in DNA binding
• Embryonic HSF2 has a weak affinity for a good binding sequence selected by the recombinant factor
• Determination of the consensus binding sequence for the purified embryonic mHSF2 by SELEX
• Complementary results on the important features of the HSF2 binding site
• Discussion
• Acknowledgements
• References