Xem trước tài liệu

Đang tải tài liệu...

Thông tin chi tiết tài liệu

Định dạng: PDF
Số trang: 9 trang
Dung lượng: 313 KB

Giới thiệu nội dung

Reannotation of Hypothetical ORFs in Plant Pathogen Erwinia carotovora subsp. atroseptica SCRI1043

Tác giả: Ling-Ling Chen, Bin-Guang Ma, Na Gao

Lĩnh vực: Bioinformatic Engineering and Technique

Nội dung tài liệu: Nghiên cứu này tập trung vào việc tái chú giải các ORF giả định (hypothetical ORFs) của mầm bệnh thực vật Erwinia carotovora subsp. atroseptica SCRI1043 (Eca1043). Một phần tư số ORF được chú giải của Eca1043 là giả định. Nghiên cứu thực hiện hai nhiệm vụ chính: (a) sử dụng phương pháp Z-curve, 49 ORF giả định ban đầu được xác định là không mã hóa, được hỗ trợ bởi phân tích thành phần chính và các bằng chứng khác. (b) Sử dụng các công cụ so khớp trình tự và tài nguyên chức năng, hơn một nửa số gen giả định đã được gán chức năng. Chức năng tiềm năng của 427 gen giả định được tóm tắt theo danh mục chức năng của nhóm các gen trực giao (COG). Ngoài ra, 114 và 86 ORF giả định được xác định là ‘protein màng’ và ‘protein tiết ra’ tương ứng. Việc tái chú giải các ORF giả định của Eca1043 sẽ hỗ trợ nghiên cứu về lối sống, trao đổi chất và khả năng gây bệnh của mầm bệnh thực vật quan trọng này, đồng thời đề xuất một mô hình cho việc tái chú giải ORF giả định trong bộ gen vi sinh vật.

Mục lục chi tiết:

  • Keywords
  • Correspondence
  • Abstract
  • Introduction
  • Results and Discussion
  • Identification of 49 noncoding ORFs
  • Why are the recognized noncoding ORFs unlikely to encode proteins?
  • Function annotation of the hypothetical genes
  • Experimental procedures
  • Acknowledgements
  • References
  • Supplementary material