Báo cáo khoa học: DG-based prediction and experimental confirmation of SYCRP1-binding sites on the Synechocystis genome

ΔG-based prediction and experimental confirmation of SYCRP1-binding sites on the Synechocystis genome

Tác giả: Katsumi Omagari, Hidehisa Yoshimura, Takayuki Suzuki, Mitunori Takano, Masayuki Ohmori, and Akinori Sarai

Lĩnh vực: Sinh học phân tử, Di truyền học

Nội dung tài liệu: Nghiên cứu này trình bày phương pháp dự đoán các vị trí liên kết của protein SYCRP1 trên bộ gen của Synechocystis sp. PCC6803 bằng cách ước tính sự thay đổi năng lượng tự do liên kết (ΔΔG_total). Các giá trị ΔΔG_total được tính toán dựa trên thí nghiệm thay thế từng cặp bazơ đơn và mô hình liên kết đối xứng. Kết quả đã xác định được 23 vị trí liên kết tiềm năng. Sau đó, 11 vị trí có giá trị ΔΔG_total thấp nhất đã được kiểm tra bằng thực nghiệm, xác nhận SYCRP1 liên kết với 10 trong số các vị trí này. Nghiên cứu cũng chỉ ra mối tương quan tốt giữa giá trị ΔΔG_total dự đoán và thực nghiệm, cho thấy phương pháp này có thể hữu ích trong việc sàng lọc các vị trí liên kết của các protein điều hòa trên bộ gen.

Mục lục chi tiết:

• Keywords
• Correspondence
• Abstract
• Introduction
• Results
• Discussion
• Experimental procedures
• Acknowledgements
• References