Xem trước tài liệu

Đang tải tài liệu...

Thông tin chi tiết tài liệu

Định dạng: PDF
Số trang: 12 trang
Dung lượng: 222 KB

Giới thiệu nội dung

Prediction of Missing Enzyme Genes

Tác giả: Yoshihiro Yamanishi, Hisaaki Mihara, Motoharu Osaki, Hisashi Muramatsu, Nobuyoshi Esaki, Tetsuya Sato, Yoshiyuki Hizukuri, Susumu Goto, and Minoru Kanehisa

Lĩnh vực: Tin sinh học, Hóa sinh

Nội dung tài liệu:
Nghiên cứu này trình bày một phương pháp mới nhằm xác định các gen mã hóa cho các enzyme bị thiếu trong mạng lưới trao đổi chất của vi khuẩn. Phương pháp này sử dụng dữ liệu bộ gen và thông tin hóa học có sẵn. Nó bao gồm hai bước chính: (a) ước tính mối liên kết chức năng giữa các gen dựa trên sự gần gũi về mặt nhiễm sắc thể và mối liên quan tiến hóa, sử dụng suy luận mạng có giám sát; và (b) lựa chọn các ứng viên gen cho các enzyme bị thiếu dựa trên điểm số ứng viên ban đầu và thông tin phản ứng hóa học được mã hóa trong số EC. Phương pháp này đã được áp dụng để suy luận mạng trao đổi chất cho vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa, tập trung vào việc tái cấu trúc con đường phân hủy lysine. Kết quả đã xác định các gen ứng viên cho các enzyme bị thiếu, và các thử nghiệm sinh hóa đã xác nhận tính hợp lệ của các dự đoán này.

Mục lục chi tiết:

  • Introduction
  • Keywords
  • Correspondence
  • Abstract
  • Results
  • Discussion
  • Experimental procedures
  • Acknowledgements
  • References