Báo cáo khoa học: X-ray crystal structures of Phanerochaete chrysosporium Laminarinase 16A in complex with products from lichenin and laminarin hydrolysis

X-ray crystal structures of Phanerochaete chrysosporium Laminarinase 16A in complex with products from lichenin and laminarin hydrolysis

Tác giả: Jonas Vasur, Rie Kawai, Evalena Andersson, Kiyohiko Igarashi, Mats Sandgren, Masahiro Samejima, and Jerry Ståhlberg

Lĩnh vực: Sinh hóa học, Cấu trúc protein

Nội dung tài liệu: Nghiên cứu này trình bày cấu trúc tinh thể tia X của enzyme Laminarinase 16A (Lam16A) từ nấm Phanerochaete chrysosporium khi kết hợp với các sản phẩm thủy phân từ lichenin và laminarin. Các cấu trúc này, ở độ phân giải 1.1 Å và 1.6 Å, cung cấp cái nhìn chi tiết về cách enzyme tương tác với các phân tử glucan, bao gồm cả sự thích ứng của vị trí liên kết để chứa các nhánh β-1,6. Nghiên cứu làm sáng tỏ vai trò của các nước bảo tồn và các tương tác protein-ligand trong việc ổn định trạng thái chuyển tiếp và cơ chế thủy phân. Kết quả cho thấy các cấu trúc này là những cấu trúc tinh thể tia X đầu tiên của bất kỳ enzyme 1,3(4)-β-D-glucanase nào kết hợp với các sản phẩm glucan, cung cấp thông tin quan trọng để hiểu rõ hơn về cơ chế xúc tác và tính đặc hiệu của enzyme.

Mục lục chi tiết:

• X-ray crystal structures of Phanerochaete chrysosporium Laminarinase 16A in complex with products from lichenin and laminarin hydrolysis
• Keywords
• Correspondence
• Note
• Introduction
• Abbreviations
• Results
• Overall structure
• P3 structure
• P4 structure
• Superposition of structures
• Substrate models
• Discussion
• The ẞ-1,6 branch
• Summary
• Experimental procedures
• Protein and ligand preparation
• Crystallization
• P3 co-crystallization
• P4 crystallization by soaking
• Structure determination
• Substrate models
• Superposition of structures and detection of conserved waters
• References
• Acknowledgements