Báo cáo khoa học: Structural basis for stereo-specific catalysis in NAD+-dependent (R )-2-hydroxyglutarate dehydrogenase from Acidaminococcus fermentans

Structural Basis For Stereo-Specific Catalysis In NAD+-Dependent (R)-2-Hydroxyglutarate Dehydrogenase From Acidaminococcus Fermentans

Tên đề tài: Structural Basis For Stereo-Specific Catalysis In NAD+-Dependent (R)-2-Hydroxyglutarate Dehydrogenase From Acidaminococcus Fermentans

Tác giả: Berta M. Martins, Sandra Macedo-Ribeiro, Julia Bresser, Wolfgang Buckel, and Albrecht Messerschmidt

Lĩnh vực: Hóa sinh, Sinh học cấu trúc

Nội dung tài liệu: Nghiên cứu này trình bày cơ sở cấu trúc cho khả năng xúc tác đặc hiệu lập thể của enzyme NAD+-dependent (R)-2-hydroxyglutarate dehydrogenase (HGDH) từ vi khuẩn Acidaminococcus fermentans. Cấu trúc tinh thể của HGDH đã được xác định ở độ phân giải 1.98 Å bằng phương pháp kết hợp pha. So sánh cấu trúc-chức năng với các enzyme khác trong họ D-2-hydroxyacid dehydrogenase đã cung cấp cái nhìn sâu sắc về sự nhận diện cơ chất và các yêu cầu xúc tác cho phản ứng chuyển hydride. Một mô hình về nhận diện cơ chất và chuyển hóa được đề xuất, nhấn mạnh vai trò của các gốc amino acid trong trung tâm hoạt động, bao gồm Arg52, Arg235, Glu264 và His297, trong việc nhận diện, liên kết và xúc tác cho phản ứng chuyển hydride một cách đặc hiệu lập thể, dẫn đến sự hình thành đồng phân tử (R)-2-hydroxyglutarate.

Mục lục chi tiết:

• Introduction
• Keywords
• Correspondence
• Present address
• Results and Discussion
• Structure determination by phase combination and model refinement
• Unsuccessful approaches
• Successful methodology
• The overall topology of A. fermentans HGDH
• Structure-based amino acid sequence alignment of HGDH and other members of the D-2-hydroxyacid dehydrogenase protein family
• Table 1. Statistics on diffraction data, phasing and structure refinement
• Active site architecture
• Interdomain cleft closure and catalysis
• Structural basis for substrate stereorecognition and hydride transfer
• Experimental procedures
• Protein purification and crystallization
• Data collection and processing
• Structure determination and model refinement
• Graphical representation
• Acknowledgements
• References