Báo cáo Y học: Ribosome-associated factor Y adopts a fold resembling a double-stranded RNA binding domain scaffold

Ribosome-associated factor Y adopts a fold resembling a double-stranded RNA binding domain scaffold

Tác giả: Keqiong Ye, Alexander Serganov, Weidong Hu, Maria Garber, Dinshaw J. Patel

Lĩnh vực: Cellular Biochemistry & Biophysics Program, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, New York, USA; Institute of Protein Research, Moscow Region, Pushchino, Russia

Nội dung tài liệu: Nghiên cứu này trình bày cấu trúc không gian 3D của protein Y (pY) từ vi khuẩn Escherichia coli, một protein liên kết với tiểu đơn vị ribosome nhỏ. Cấu trúc của pY được xác định bằng phương pháp phổ cộng hưởng từ hạt nhân (NMR), cho thấy nó có cấu trúc gấp nếp giống như khuôn mẫu của miền liên kết RNA sợi đôi (dsRBD). Protein pY đóng vai trò ổn định ribosome khi vi khuẩn trải qua các điều kiện môi trường khắc nghiệt, có khả năng bằng cách ngăn cản sự gắn kết của aminoacyl-tRNA vào vị trí A của ribosome, từ đó điều chỉnh quá trình dịch mã. Các phân tích về động lực học của chuỗi polypeptide và vị trí của các tàn dư được bảo tồn cho thấy một vùng mang điện tích dương có khả năng là vị trí liên kết RNA. Mặc dù có sự tương đồng về cấu trúc gấp nếp với dsRBD, nhưng trình tự và vị trí liên kết RNA của pY có những khác biệt đáng kể.

Mục lục chi tiết:

• Materials and Methods
• Sample preparation
• NMR spectroscopy
• Structure calculations
• Results and Discussion
• Assignments
• Structure determination
• Use of residual dipolar coupling in the structural calculation
• Description of structure
• Backbone mobility
• Sequence conservation
• Structure-function relationships
• Related structural research
• Acknowledgments
• References