Luận văn: Phân Tích Cộng Đồng Vi Khuẩn Phân Hủy Rơm Rạ Bằng Kỹ Thuật Pcr-Dgge Và Tạo Dòng

Phân tích cộng đồng vi khuẩn phân hủy rơm rạ bằng kỹ thuật PCR-DGGE và tạo dòng

Tác giả: Ngô Đức Duy

Lĩnh vực: Sinh học

Nội dung tài liệu:

Nghiên cứu này tập trung vào việc phân tích cộng đồng vi khuẩn có trong rơm rạ, một nguồn phụ phẩm nông nghiệp dồi dào. Với sự phát triển của các kỹ thuật sinh học phân tử hiện đại, việc định loại vi sinh vật trở nên khả thi hơn. Tuy nhiên, các nghiên cứu trước đây chủ yếu dựa trên việc phân lập thuần chủng, trong khi nhiều ứng dụng đòi hỏi phải hiểu rõ thành phần, sự biến động và vai trò của toàn bộ cộng đồng vi sinh vật trong mẫu. Luận văn này áp dụng kỹ thuật PCR-DGGE kết hợp với kỹ thuật tạo dòng để xác định cộng đồng vi khuẩn trong rơm trước và sau quá trình ủ. Mục tiêu là đánh giá sự đa dạng và biến động của vi khuẩn, từ đó tạo nền tảng cho việc phân lập các loài vi khuẩn có khả năng chịu nhiệt, sinh cellulase, phục vụ cho định hướng nghiên cứu sản xuất nhiên liệu sinh học trong tương lai. Nghiên cứu này cũng xem xét các thành phần hóa học của rơm rạ, bao gồm cellulose, hemicellulose và lignin, cũng như các enzyme cellulase tham gia vào quá trình phân giải.

Mục lục chi tiết:

• Lời cam đoan
• Lời cảm ơn
• Lời nói đầu
• Danh mục các ký hiệu và chữ viết tắt
• Danh mục các bảng
• Danh mục các hình ảnh, đồ thị
• Mục lục
• Chương 1: Tổng quan tài liệu
• 1. Rơm rạ, thành phần cấu tạo và giá trị kinh tế
• 1.1. Rơm rạ
• 1.2. Thành phần cấu tạo rơm rạ
• 1.3. Giá trị kinh tế của rơm rạ
• 1.2. Hệ enzyme cellulase và vi sinh vật phân giải rơm rạ
• 1.2.1. Hệ enzyme cellulase và cơ chế phân giải cellulose
• 1.2.2. Hệ vi sinh phân giải cellulose
• 1.3. Kỹ thuật sinh học phân tử định loài vi sinh
• 1.3.1. Các phương pháp ly trích và thu nhận DNA vi sinh vật
• 1.3.2. Các kỹ thuật sinh học phân tử trong định danh
• 1.3.2.1. Kỹ thuật PCR trong định danh vi khuẩn
• 1.3.2.2. Kỹ thuật PCR-DGGE trong định danh vi khuẩn
• 1.3.2.3. Kỹ thuật tạo dòng
• Chương 2: Vật liệu và phương pháp nghiên cứu
• 2.1. Vật liệu, hóa chất và thiết bị nghiên cứu
• Hóa chất
• Thiết bị và dụng cụ
• 2.2. Các phương pháp nghiên cứu
• 2.2.1. Phương pháp ly trích và thu nhận DNA
• 2.2.2. Phương pháp PCR nhân bản gene 16S rDNA và vùng gene V3
• 2.2.3. Phương pháp tinh sạch sản phẩm gene V3
• 2.2.4. Phương pháp thực hiện kỹ thuật DGGE
• 2.2.4.1. Qui trình chuẩn bị gel polyacrylamine và thực hiện DGGE
• 2.2.4.2. Quy trình thu nhận sản phẩm DGGE từ gel polyacrylamide
• 2.2.4.3. PCR gene V3 sau khi thu nhận từ DGGE với cặp mồi 357F và 517R
• 2.2.5. Phương pháp tạo dòng
• 2.2.6. Giải trình tự gene V3 và xây dựng cây phát sinh loài
• 2.3. Khảo sát sinh cellulase phương pháp đĩa CMC
• Chương 3: Kết quả và thảo luận
• 3.1. Kết quả kiểm tra nhiệt độ
• 3.2. Kết quả thu nhận DNA genome của vi sinh vật trong mẫu rơm
• 3.3. Kết quả thu nhận gene 16S rDNA và gene V3 của mẫu R
• 3.4. Kết quả phân tích dữ liệu cộng đồng vi khuẩn của mẫu R
• 3.5. Kết quả DNA, gene 16S rDNA và gene V3 mẫu Rn
• 3.6. Kết quả tạo dòng trên vector pGEM®-T Easy của hãng Promega
• 3.7. Kết quả thu nhận vùng gene V3 sau khi đã tạo dòng
• 3.8. Kết quả kiểm tra gene V3 sau khi tạo dòng bằng kỹ thuật DGGE
• 3.9. Kết quả sơ bộ định tính enzyme cellulase trong mẫu Rn
• Chương 4: Kết luận và kiến nghị
• 4.1. Kết luận
• 4.2. Kiến nghị
• Tài liệu tham khảo