Báo cáo khoa học: NMR structure of the thromboxane A2 receptor ligand recognition pocket

NMR Structure of the Thromboxane A2 Receptor Ligand Recognition Pocket

Tên đề tài: NMR Structure of the Thromboxane A2 Receptor Ligand Recognition Pocket

Tác giả: Ke-He Ruan, Jiaxin Wu, Shui-Ping So, Lori A. Jenkins and Cheng-Huai Ruan

Lĩnh vực: Sinh hóa học, Dược lý học, Cấu trúc phân tử

Nội dung tài liệu: Nghiên cứu này trình bày việc xây dựng mô hình cấu trúc ba chiều của túi nhận diện phối tử trên thụ thể Thromboxane A2 (TP receptor) bằng phương pháp NMR. Các nhà khoa học đã sử dụng chiến lược tổng hợp peptide bị giới hạn cấu trúc để mô phỏng các vòng ngoại bào (eLPs) của thụ thể, sau đó kết hợp chúng với các miền xuyên màng đã biết. Mô hình cấu trúc này làm sáng tỏ vai trò quan trọng của vòng ngoại bào thứ hai (eLP2) và cầu disulfide trong việc hình thành túi nhận diện phối tử. Nghiên cứu cũng chỉ ra rằng sự năng động của eLP2, được điều chỉnh bởi trạng thái oxy hóa-khử của cầu disulfide, ảnh hưởng đến quá trình gắn kết ban đầu của phối tử. Phát hiện này mở ra cơ chế phân tử mới có thể áp dụng cho các thụ thể prostanoid khác và các thụ thể bắt cặp với G protein (GPCRs).

Mục lục chi tiết:

• Introduction
• Materials and methods
• Peptide synthesis and purification
• 1H NMR and assignment
• Calculation of structures
• Molecular modeling of the transmembrane domains of the TP receptor
• Results
• Design and synthesis of peptides mimicking extracellular loops of the human TP receptor
• NMR and assignment for TP eLP1
• Secondary structure of the constrained eLP1 peptide analyzed using two-dimensional NMR data
• Construction of the three-dimensional structure of the constrained eLP1 peptide
• Configuration of the NMR structures of the three extracellular loops in TP receptor model
• Structural characterization of the ligand recognition site of TP receptor
• Discussion
• Acknowledgements
• References