Xem trước tài liệu

Đang tải tài liệu...

Thông tin chi tiết tài liệu

Định dạng: PDF
Số trang: 76 trang
Dung lượng: 911 KB

Giới thiệu nội dung

Nghiên cứu mối tương quan di truyền giữa người Việt cổ – thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới – với người Việt hiện đại bằng phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể

Tác giả: Đoàn Thị Nhung

Lĩnh vực: Sinh học

Nội dung tài liệu:
Luận văn thạc sĩ này tập trung vào việc nghiên cứu mối quan hệ di truyền giữa người Việt cổ thuộc giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới và người Việt hiện đại. Nghiên cứu sử dụng phương pháp phân tích trình tự toàn bộ hệ gen ty thể (mtDNA) để làm sáng tỏ lịch sử tiến hóa và sự đa dạng của loài người tại Việt Nam. Các mẫu xương cổ đại được phân lập, tách chiết DNA ty thể và giải trình tự để thu thập dữ liệu di truyền. Sau đó, các dữ liệu này được phân tích để đánh giá chất lượng, xây dựng cây phát sinh chủng loại, từ đó so sánh với người Việt hiện đại và các mẫu người cổ từ các khu vực khác trong cùng giai đoạn. Mục tiêu chính là cung cấp bằng chứng phân tử, làm rõ hơn về sự tồn tại và mối liên hệ di truyền của các nhóm người cổ tại Việt Nam, góp phần vào việc hiểu rõ hơn về lịch sử nhân khẩu học của khu vực.

Mục lục chi tiết:

  • LỜI CAM ĐOAN
  • LỜI CẢM ƠN
  • MỤC LỤC
  • DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CHỮ CÁI VIẾT TẮT
  • DANH MỤC BẢNG
  • DANH MỤC HÌNH
  • MỞ ĐẦU
    • 1. Lý do chọn đề tài
    • 2. Mục đích nghiên cứu
    • 3. Nội dung nghiên cứu
    • 4. Cơ sở khoa học và tính thực tiễn
    • 5. Những đóng góp của luận văn
  • CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN NGHIÊN CỨU
    • 1.1 Tình hình nghiên cứu trên thế giới
      • 1.1.1. Lịch sử loài người qua các nghiên cứu di truyền khảo cổ
      • 1.1.2. Loài người tại khu vực Đông Nam Á và Việt Nam qua nghiên cứu di truyền khảo cổ
      • 1.1.3. Các chỉ thị di truyền sử dụng trong nghiên cứu mẫu xương khảo cổ
      • 1.1.4. Ứng dụng công nghệ giải trình tự gen trong nghiên cứu các mẫu khảo cổ
  • CHƯƠNG 2. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
    • 2.1. ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU
      • 2.1.1. Người Việt cổ sinh sống trong giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá mới
      • 2.1.2. Người Việt hiện đại
    • 2.2. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
      • 2.2.1. Tách chiết DNA ty thể và giải trình tự bằng hệ thống máy Ion S5TM (Thermo Fisher Scientific).
      • 2.2.2. Phân tích đánh giá chất lượng giải trình tự của hệ thống Ion S5Tм bằng phần mềm FastQC
      • 2.2.3. Map các đoạn đọc (reads) với hệ gen tham chiếu và lọc chất lượng bằng phần mềm bwa, samtools
      • 2.2.4. Ước tính các mẫu bị tổn thương (deamination) và chỉnh lại các file BAM bằng phần mềm mapDamage.
      • 2.2.5. Gọi các biến thể (variants) và tạo ra VCF (Variant Call Format)
      • 2.2.6. Tạo file consensus và kiểm tra nhiễm với Schmutzi
      • 2.2.7. Xác định nhóm haplogroup bằng HaploGrep2
      • 2.2.8. Dựng cây phát sinh chủng loại thông qua phần mềm MEGA
  • CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
    • 3.1. Kết quả tách chiết DNA ty thể và giải trình tự bằng hệ thống máy Ion S5TM (Thermo Fisher Scientific)
      • 3.1.1. Kết quả tách chiết DNA ty thể
    • 3.2. Phân tích đánh giá chất lượng giải trình tự của hệ thống Ion S5Tm bằng phần mềm FastQC.
    • 3.3. Map các đoạn đọc (reads) với hệ gen tham chiếu và lọc chất lượng bằng phần mềm bwa, samtools
    • 3.4. Ước tính các mẫu bị tổn thương (deamination) và chỉnh lại các file BAM bằng phần mềm mapDamage.
    • 3.5. Gọi các biến thể (variants) và tạo ra VCF (Variant Call Format)
    • 3.6. Tạo file consensus và kiểm tra nhiễm với Schmutzi
    • 3.7. Xác định nhóm haplogroup bằng HaploGrep2
    • 3.8. Dựng cây phát sinh chủng loại thông qua phần mềm MEGA
  • KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ
    • 1. KẾT LUẬN
    • 2. KIẾN NGHỊ
  • DANH MỤC CÔNG TRÌNH CỦA TÁC GIẢ
  • DANH MỤC TÀI LIỆU THAM KHẢO