Báo cáo Y học: Molecular interactions between nuclear factor kB (NF-kB) transcription factors and a PNA– DNA chimera mimicking NF-kB binding sites

Molecular interactions between nuclear factor kB (NF-kB) transcription factors and a PNA-DNA chimera mimicking NF-kB binding sites

Tác giả: Alessandra Romanelli, Carlo Pedone, Michele Saviano, Nicoletta Bianchi, Monica Borgatti, Carlo Mischiati and Roberto Gambari

Lĩnh vực: Biocrystallography Research Center, CNR, Napoli; Department of Biochemistry and Molecular Biology, and Biotechnology Centre, Ferrara University, Ferrara, Italy

Nội dung tài liệu: Nghiên cứu này khám phá khả năng tương tác giữa các yếu tố phiên mã NF-kB và các chimeras PNA-DNA, một loại phân tử tổng hợp có khả năng bắt chước các vị trí gắn kết của NF-kB. Các chimeras PNA-DNA được thiết kế để khắc phục những hạn chế về độ ổn định của các phân tử DNA tổng hợp truyền thống, vốn dễ bị phân hủy bởi các enzyme trong cơ thể. Thông qua các mô phỏng động lực học phân tử và các thử nghiệm thực nghiệm, nghiên cứu cho thấy các chimeras PNA-DNA có khả năng tương tác ổn định với các protein NF-kB. Quan trọng hơn, các chimeras này có khả năng ngăn chặn sự tương tác giữa các yếu tố NF-kB và các vị trí mục tiêu trên DNA, điều này cho thấy tiềm năng của chúng trong liệu pháp gen.

Mục lục chi tiết:

• Introduction
• Materials and Methods
• Synthesis of NF-kB PNA-DNA chimeras
• Molecular dynamics simulations
• Circular dichroism spectra
• Electrophoretic mobility shift assay
• Results
• Design of synthetic oligonucleotides, PNAs and PNA-DNA chimeras
• Computational analysis
• CD analysis and melting experiments
• The double stranded PDP-PDP chimera inhibits the interactions between NF-kB transcription factors and target DNA-DNA molecules
• The double stranded PDP-PDP chimera mimicking the HIV-1 NF-kB binding sites inhibits the interactions between crude nuclear extracts and target NF-kB DNA-DNA molecules
• Differential effects of the HIV-1 NF-kB PDP-PDP chimera on binding of NF-kB p52 and p50 to NF-kB binding sites of HIV-1 and IgK gene
• Stability of the decoy molecules based on PNA-DNA-PNA chimeras
• Discussion
• Acknowledgements
• References