Báo cáo khoa học: Mapping of the functional phosphate groups in the catalytic core of deoxyribozyme 10–23

Mapping of the functional phosphate groups in the catalytic core of deoxyribozyme 10–23

Tác giả: Barbara Nawrot, Kinga Widera, Marzena Wojcik, Beata Rebowska, Genowefa Nowak and Wojciech J. Stec

Lĩnh vực: Hóa sinh hữu cơ và Hóa sinh phân tử

Nội dung tài liệu: Nghiên cứu này tập trung vào việc xác định vai trò của các nhóm phosphate chức năng trong lõi xúc tác của deoxyribozyme 10-23. Bằng cách sử dụng các dẫn xuất phosphorothioate (PS) tại các vị trí khác nhau của lõi xúc tác, các nhà nghiên cứu đã đánh giá ảnh hưởng của các sửa đổi này đến hoạt động xúc tác trong điều kiện có Mg²⁺ hoặc Mn²⁺. Kết quả cho thấy một số vị trí phosphate, đặc biệt là P5 và P9, đóng vai trò quan trọng trong việc phối trí với ion kim loại, ảnh hưởng đáng kể đến hiệu quả xúc tác. Nghiên cứu cũng đề xuất một mô hình cho vị trí liên kết kim loại trong lõi xúc tác của deoxyribozyme 10-23, bao gồm sự tương tác của các cation hóa trị hai với các oxy của phosphate P5 và oxy của nhóm carbonyl tại G6.

Mục lục chi tiết:

• Giới thiệu
• Từ khóa
• Thư tín
• Địa chỉ liên hệ
• Tình trạng hiện tại
• Tóm tắt
• doi:10.1111/j.1742-4658.2007.05655.x
• Cấu trúc của deoxyribozyme 10-23
• Thảo luận và Kết quả
• Ảnh hưởng của sửa đổi PS lên hoạt động xúc tác của deoxyribozyme 10-23
• Ảnh hưởng của cấu hình P lên hoạt động xúc tác của deoxyribozyme 10-23
• Hoạt động xúc tác của deoxyribozyme 10-23 có hai sửa đổi PS
• Phân tích đột biến của nucleoside tại vị trí 6 của lõi xúc tác
• Hình 1. Cấu trúc của deoxyribozyme 10-23
• Hình 2. So sánh tốc độ phân cắt tương đối (k_rel) của các deoxyribozyme được sửa đổi bằng thio 10-23
• Hình 3. So sánh tốc độ phân cắt tương đối (k_rel) của các deoxyribozyme 10-23 được sửa đổi bằng thio
• Hình 4. So sánh hoạt động phụ thuộc Mg²⁺ của deoxyribozyme 10-23 không được sửa đổi
• Hình 5. So sánh tốc độ phân cắt tương đối (k_rel) của các deoxyribozyme thio được sửa đổi P-chiral
• Hình 6. Cấu trúc hóa học của các chất tương tự nucleotide khác nhau được sử dụng trong nghiên cứu hiện tại.
• Hình 7. Mô hình vị trí liên kết kim loại trong lõi xúc tác của deoxyribozyme 10-23.
• Bảng 1. Hằng số tốc độ một lần chuyển của các phản ứng phân cắt được xúc tác bởi deoxyribozyme 10-23 không được sửa đổi và được sửa đổi bằng thio.
• Bảng 2. Hằng số tốc độ một lần chuyển đối với các phản ứng được xúc tác bởi các deoxyribozyme thio được sửa đổi P-chiral
• Bảng 3. Động học chuyển đổi đơn lẻ của phản ứng phân cắt được xúc tác bởi deoxyribozyme 10-23 được sửa đổi tại vị trí 6 của lõi xúc tác.
• Kết luận và Ý nghĩa
• Thủ tục thực nghiệm
• Tài liệu tham khảo