Xem trước tài liệu

Đang tải tài liệu...

Thông tin chi tiết tài liệu

Định dạng: PDF
Số trang: 9 trang
Dung lượng: 523 KB

Giới thiệu nội dung

Epigenetics: application of virtual image restriction landmark genomic scanning (Vi-RLGS)

Tác giả: Kuniaki Koike, Tomoki Matsuyama, Toshikazu Ebisuzaki

Lĩnh vực: Sinh học phân tử, Tin sinh học, Di truyền học

Nội dung tài liệu:

Nghiên cứu này giới thiệu hệ thống quét bộ gen dấu ấn hạn chế hình ảnh ảo (Vi-RLGS), một phương pháp phát triển để khắc phục những khó khăn trong việc nhận dạng các đốm đa hình trong kỹ thuật quét bộ gen dấu ấn hạn chế (RLGS) truyền thống. RLGS là một phương pháp mạnh mẽ để phát hiện các đột biến di truyền và thay đổi biểu sinh trong DNA. Tuy nhiên, việc xác định các đốm đa hình là một thách thức do lượng DNA mục tiêu rất nhỏ và sự hiện diện của nhiều đoạn DNA không được gắn nhãn. Hệ thống Vi-RLGS được phát triển để so sánh các mẫu RLGS thực tế với các mẫu RLGS được mô phỏng bằng máy tính (mẫu RLGS ảo). Bài báo trình bày chi tiết về chương trình mô phỏng (RLGSSIM) dựa trên mối quan hệ tuyến tính giữa nghịch đảo của tính di động được vẽ trên chiều dài đoạn DNA và hồ sơ Vi-RLGS của Arabidopsis thaliana.

Mục lục chi tiết:

  • MINIREVIEW
  • Epigenetics: application of virtual image restriction landmark genomic scanning (Vi-RLGS)
  • Keywords
  • Correspondence
  • Abstract
  • Abbreviations
  • Fig. 1. RLGS procedure.
  • Simulation software: RLGSSIM
  • Algorithm
  • Fig. 2. Simulation procedure.
  • Implementation
  • Sequence-reading module
  • The 2D electrophoresis-simulation engine
  • Fig. 3. Flowchart of the 2D electrophoresis simulation in virtual RLGS.
  • The 2D electrophoresis flow
  • User interface
  • Fig. 4. Screenshot of the 2D electrophoresis simulator (RLGSSIM).
  • RLGS profiling using the Vi-RLGS system
  • Fig. 5. Vi-RLGS profiling of Arabidopsis.
  • Conclusions
  • Acknowledgements
  • References