Xem trước tài liệu

Đang tải tài liệu...

Thông tin chi tiết tài liệu

Định dạng: PDF
Số trang: 26 trang
Dung lượng: 421 KB

Giới thiệu nội dung

Diversity, Taxonomy and Evolution of Medium-Chain Dehydrogenase/Reductase Superfamily

Tác giả: Héctor Riveros-Rosas, Adriana Julián-Sánchez, Rafael Villalobos-Molina, Juan Pablo Pardo, Enrique Piña

Lĩnh vực: Biochemistry, Molecular Biology

Nội dung tài liệu:
Nghiên cứu này trình bày một phân tích toàn diện, cấu trúc và chức năng, in silico, về siêu họ enzyme trung gian chuỗi dehydrogenase/reductase (MDR), bao gồm 583 protein. Thông qua khai thác cơ sở dữ liệu và chương trình BLASTP, các thành viên của siêu họ MDR đã được xác định và phân loại thành ba cấp độ phân loại theo bộ gene, trình tự và sự tương đồng chức năng: các họ phụ, các họ và các siêu họ. Siêu họ MDR bao gồm ba siêu họ chính, với tám họ và 49 họ phụ, thể hiện sự đa dạng chức năng đáng kể. Nghiên cứu cũng xem xét nguồn gốc cổ xưa của siêu họ MDR, có khả năng xuất hiện từ tổ tiên chung cuối cùng, và sự tiến hóa của các chức năng mới trong siêu họ này, nhấn mạnh tính linh hoạt của các thành viên trong siêu họ MDR.

Mục lục chi tiết:

  • Giới thiệu
  • Vật liệu và phương pháp
  • Kết quả
  • Bảng 1. Họ protein/họ phụ trong siêu họ trung gian chuỗi dehydrogenase/reductase (MDR)
  • Hình 1. Cây không gốc được xây dựng với 583 chuỗi protein không lặp lại thuộc về siêu họ MDR.
  • Hình 2. Cây không gốc được xây dựng với các chuỗi protein được xác định thuộc về MDR ở vi khuẩn và cổ khuẩn.
  • Hình 3. Cây không gốc được xây dựng với 328 chuỗi protein thuộc về MDR ở sinh vật nhân chuẩn.
  • Siêu họ II: Họ CADH (COG1064): ELI3, CADH và các họ phụ liên quan
  • Siêu họ II: Họ Y-ADH (COG1064): yeast ADH và các họ phụ liên quan
  • Bảng 2. So sánh các họ protein được bao gồm trong siêu họ MDR theo cơ sở dữ liệu COG, Nordling et al. [14] và ba siêu họ hoặc các cụm chính của các họ phụ protein được xác định trong nghiên cứu này.
  • Macrofamily I: Họ PDH (COG1063): DHSO, TDH và các họ phụ liên quan
  • Macrofamily I: Họ ADH (COG1062): ADH lớp III và các họ phụ liên quan
  • Bảng 3. Các họ phụ chính bao gồm họ PDH của MDR (COG1063) và sự xuất hiện của chúng ở sinh vật nhân chuẩn, cổ khuẩn và vi khuẩn.
  • Macrofamily III: Họ QOR (COG0604): QOR và các họ phụ liên quan
  • Macrofamily III: Họ NRBP (COG0604): họ phụ NRBP1 và các họ phụ liên quan
  • Macrofamily III: Họ LTD (COG2130): LTD/AADH và các họ phụ liên quan
  • Macrofamily III: Họ ER (COG3321): enoyl reductases
  • Bảng 4. Các họ phụ chính bao gồm họ ADH của MDR (COG1062) và sự xuất hiện của chúng ở sinh vật nhân chuẩn, cổ khuẩn và vi khuẩn.
  • Bảng 5. Các họ phụ chính bao gồm họ CADH và họ Y-ADH của MDR (COG1064) và sự xuất hiện của chúng ở sinh vật nhân chuẩn, cổ khuẩn và vi khuẩn.
  • Thảo luận
  • Tiêu chí dùng để định nghĩa một họ protein: sự tương đồng về trình tự so với sự tương đồng về chức năng