Xem trước tài liệu

Đang tải tài liệu...

Thông tin chi tiết tài liệu

Định dạng: PDF
Số trang: 71 trang
Dung lượng: 1 MB

Giới thiệu nội dung

Khóa Luận Tốt Nghiệp: Khai Thác Dữ Liệu ESTs (Expressed Sequence Tags) Ở Chi Cam Chanh (Citrus) Cho Việc Phát Triển Marker Phân Tử SSR (Simple Sequence Repeats)

Tác giả: Lưu Trần Công Huy

Lĩnh vực: Công Nghệ Sinh Học

Nội dung tài liệu:

Khóa luận này tập trung vào việc khai thác dữ liệu ESTs (Expressed Sequence Tags) từ chi Cam chanh (Citrus) nhằm mục đích phát triển các marker phân tử SSR (Simple Sequence Repeats). Nghiên cứu sử dụng các phương pháp phân tích dữ liệu sinh học, bao gồm thu thập và xử lý trình tự nucleotide, xác định các đoạn lặp lại ngắn (SSRs), thiết kế primer, xây dựng cơ sở dữ liệu và phát triển giao diện web để chia sẻ thông tin.

Mục tiêu chính là xây dựng cơ sở dữ liệu Microsatellite để hỗ trợ nghiên cứu đa dạng, quan hệ di truyền, phân biệt loài và cá thể, lập bản đồ di truyền, xác định gen, và chọn giống cây trồng thông qua chỉ thị phân tử.

Mục lục chi tiết:

  • Lời cảm ơn
  • Tóm tắt khóa luận
  • Abstract
  • Danh sách các từ viết tắt
  • Chương 1: Mở đầu
    • 1.1 Đặt vấn đề
    • 1.2 Mục tiêu của khóa luận
  • Chương 2: Tổng quan tài liệu
    • 2.1 Giới thiệu về chi Cam chanh
      • 2.1.1 Vị trí phân loại
      • 2.1.2 Đặc điểm
      • 2.1.3 Sâu hại và bệnh tật
    • 2.2 EST
      • 2.2.1 Sơ lược về EST
      • 2.2.2 Nguồn gốc của EST
    • 2.3 Sơ lược về phương pháp Microsatellite (SSR)
      • 2.3.1 Những khái niệm về kỹ thuật microsatellite
      • 2.3.2 Giới thiệu chung
        • 2.3.2.1 Tính chất
        • 2.3.2.2 Khuếch đại của microsatellites
        • 2.3.2.3 Những giới hạn của microsatellite
      • 2.3.3 Các loại microsatellite
      • 2.3.4 Cơ chế hình thành microsatellite
      • 2.3.5 Vai trò của microsatellite
    • 2.4 Phương pháp xác định microsatellite truyền thống
    • 2.5 Phương pháp phát hiện microsatellite sử dụng
    • 2.6 Ứng dụng
    • 2.7 Cơ sở dữ liệu sinh học
      • 2.7.1 NCBI
        • 2.7.1.1 Vài nét về NCBI
        • 2.7.1.2 Một số cơ sở dữ liệu trong NCBI
  • Chương 3: Vật liệu và phương pháp
    • 3.1 Các chương trình và ngôn ngữ lập trình được sử dụng
      • 3.1.1 Hệ điều hành
      • 3.1.2 Các chương trình phân tích trình tự
        • 3.1.2.1 Chương trình Perl ssrfinder_1
        • 3.1.2.2 Chương trình tìm kiếm các trình tự tương đồng – BLAST
        • 3.1.2.3 Hệ quả trị CSDL quan hệ Microsoft ACEESS
        • 3.1.2.4 Egassembler
      • 3.1.3 Apache web Server
    • 3.4 Các bước tiến hành
  • Chương 4: Kết quả và thảo luận
    • 4.1 Thu thập trình tự ESTs Citrus từ CSDL dbEST
    • 4.2 Loại các dữ liệu nhiễu và dư bằng công cụ EGassembler bao gồm các bước sau
      • 4.2.1 Làm sạch trình tự
      • 4.2.2 Dấu những vùng trình tự nhiễu của vector và adaptors
      • 4.2.3 Dấu những vùng trình tự nhiễu của các bào quan
    • 4.3 Assembling
    • 4.4 Tìm SSR: bằng SSRFinder v1.0 của Steven Schroeder
      • 4.4.1 BLASTn
    • 4.5 Thiết kế và kiểm tra primer
    • 4.6 tBLASTX
    • 4.7 Đưa tất cả các dữ liệu này vào CSDL quan hệ Microsoft ACCESS để dễ dàng truy xuất thông tin
    • 4.8 Tích hợp CSDL vừa xây dựng vào web thông qua Apache Server để chia sẻ thông tin qua mạng
      • 4.8.1 Trang chủ (HOME PAGE)
      • 4.8.2 Trang cơ sở dữ liệu SSRs (SSRs PAGE)
  • Chương 5: Kết luận và đề nghị
    • 5.1 Kết luận
    • 5.2 Đề nghị
  • Tài liệu tham khảo
  • Phụ lục