Báo cáo khoa học: Bioinformatics of the glycoside hydrolase family 57 and identification of catalytic residues in amylopullulanase from Thermococcus hydrothermalis

Bioinformatics of the Glycoside Hydrolase Family 57 and Identification of Catalytic Residues in Amylopullulanase from Thermococcus hydrothermalis

Tác giả: Richard Zona, Florent Chang-Pi-Hin, Michael J. O’Donohue, and Štefan Janeček

Lĩnh vực: Sinh học phân tử, Tin sinh học

Nội dung tài liệu: Nghiên cứu này tập trung vào việc phân tích tin sinh học của 59 trình tự axit amin thuộc họ glycoside hydrolase 57 (GH-57). Các nhà nghiên cứu đã thực hiện căn chỉnh trình tự thủ công để xác định các vùng bảo tồn và các motif đồng thuận. Dựa trên cấu trúc của enzyme 4-α-glucanotransferase, các nhà khoa học đã đề xuất các gốc axit amin có khả năng là trung tâm xúc tác của các enzyme GH-57. Để xác nhận dự đoán này, các nhà nghiên cứu đã thực hiện đột biến định hướng tại chỗ trên enzyme amylopullulanase từ Thermococcus hydrothermalis. Kết quả thực nghiệm cho thấy các gốc axit amin được đề xuất đóng vai trò quan trọng trong hoạt tính xúc tác của enzyme. Nghiên cứu cũng đề xuất việc phân loại họ GH-57 thành bảy phân họ dựa trên cây tiến hóa, phản ánh sự khác biệt về đặc tính xúc tác của các enzyme trong họ này.

Mục lục chi tiết:

• Giới thiệu
• Vật liệu và phương pháp
• Nghiên cứu tin sinh học
• Đột biến định hướng tại chỗ, chuẩn bị protein đột biến và phân tích ban đầu
• Kết quả và Thảo luận
• So sánh trình tự
• Quan hệ tiến hóa
• Tóm tắt