A Hybrid Clustering Of Protein Binding Sites

Tên đề tài:

A hybrid clustering of protein binding sites

Tác giả:

Gábor Iván, Zoltán Szabadka, Vince Grolmusz

Lĩnh vực:

Protein Information Technology Group, Department of Computer Science, Eötvös University, Budapest, Hungary; Uratim Ltd., Budapest, Hungary

Nội dung tài liệu:

Bài báo này giới thiệu một phương pháp tiếp cận nhanh chóng dựa trên trình tự để phân loại các vị trí liên kết protein. Phương pháp này sử dụng thông tin trình tự kết hợp với dữ liệu không gian từ Protein Data Bank (PDB) để tạo ra các cụm vị trí liên kết tương tự. Dữ liệu từ PDB, chứa khoảng 27.000 vị trí liên kết protein, được phân tích bằng thuật toán phân cụm OPTICS. Các cụm được tạo ra phản ánh chính xác các số liệu Phân loại Ủy ban Enzyme, cho thấy ý nghĩa sinh học rõ ràng của phương pháp. Kết quả phân cụm, được tô màu theo số liệu Phân loại Ủy ban Enzyme, có sẵn trực tuyến để nghiên cứu thêm. Bài báo cũng thảo luận về các tham số ảnh hưởng đến chất lượng phân cụm và đề xuất các phương pháp đại diện cho vị trí liên kết để thuật toán phân cụm có thể xử lý hiệu quả.

Mục lục chi tiết: