Các Phương Pháp Xây Dựng Ma Trận Biến Đổi Axít Amin

CÁC PHƯƠNG PHÁP XÂY DỰNG MA TRẬN BIẾN ĐỔI AXÍT AMIN

Tác giả: ĐẶNG CAO CƯỜNG

Lĩnh vực: Khoa học Máy tính

Nội dung tài liệu:

Luận án Tiến sĩ Công nghệ Thông tin này tập trung nghiên cứu các phương pháp xây dựng ma trận biến đổi axít amin, một thành phần cốt lõi trong lĩnh vực tin sinh học. Cụ thể, luận án đề xuất các phương pháp mới nhằm tăng tốc độ xây dựng cây phân loài và tối ưu cấu trúc cây, từ đó giảm thời gian ước lượng mô hình biến đổi axít amin. Bên cạnh đó, luận án còn tìm cách nâng cao tính chính xác của mô hình thông qua việc tích hợp các ràng buộc sinh học phân tử. Một hệ thống ước lượng tự động mô hình biến đổi axít amin được đề xuất, cho phép người dùng tự ước lượng các mô hình riêng biệt cho từng loài sinh vật. Ngoài ra, một mô hình biến đổi axít amin cho vi rút cúm (mô hình FLU) cũng được xây dựng và thử nghiệm, chứng tỏ hiệu quả cao hơn các mô hình hiện có.

Luận án trình bày chi tiết các bài toán liên quan đến biến đổi axít amin, các phương pháp ước lượng mô hình như phương pháp đếm (PAM, BLOSUM) và phương pháp cực đại khả năng (ML). Các chương tiếp theo tập trung vào việc đề xuất các phương pháp cải tiến để ước lượng nhanh mô hình biến đổi axít amin, bao gồm các kỹ thuật chia tách dữ liệu. Các kết quả thực nghiệm cho thấy phương pháp cải tiến này có thể giảm đáng kể thời gian xử lý mà vẫn đảm bảo độ chính xác của mô hình.

Mục lục chi tiết:

Chương 1: Bài toán ước lượng sự biến đổi axít amin

Chương 2: Phương pháp ước lượng nhanh mô hình biến đổi axít amin bằng phương pháp cực đại khả năng