Báo cáo khoa học: Binding of non-natural 3¢-nucleotides to ribonuclease A

Binding of Non-Natural 3′-Nucleotides to Ribonuclease A

Tác giả: Cara L. Jenkins, Nethaji Thiyagarajan, Rozamond Y. Sweeney, Michael P. Guy, Bradley R. Kelemen, K. Ravi Acharya, and Ronald T. Raines

Lĩnh vực: Hóa sinh, Dược lý học

Nội dung tài liệu: Nghiên cứu này tập trung vào việc khám phá khả năng liên kết của các nucleotide phi tự nhiên 3′ với enzyme ribonuclease A (RNase A). Các nhà nghiên cứu đã tổng hợp hóa học hai nucleotide phi tự nhiên, 2′-fluoro-2′-deoxyuridine 3′-phosphate (dUFMP) và arabinouridine 3′-phosphate (araUMP), và so sánh ái lực liên kết của chúng với các nucleotide tự nhiên 3′-UMP và dUMP đối với RNase A hoang dã và biến thể T45G. Kết quả cho thấy các nucleotide phi tự nhiên có ái lực liên kết cao hơn đáng kể. Cấu trúc ba chiều của các phức hợp RNase A-nucleotide đã được xác định bằng nhiễu xạ tia X, làm sáng tỏ cơ sở phân tử cho sự khác biệt về ái lực liên kết. Nghiên cứu này chỉ ra tiềm năng của các vòng furanose phi tự nhiên trong việc phát triển các chất ức chế mạnh hơn cho RNase A và các enzyme tương tự.

Mục lục chi tiết:

• Giới thiệu
• Kết quả
• Tổng hợp 3′-nucleotides
• Giá trị pKa
• Giá trị K₁
• Cấu trúc ba chiều
• Thảo luận
• Quy trình thực nghiệm
• Tổng quát
• 5′-Trityl-2′-deoxyuridine (2a)
• 5′-Trityl-2′-fluoro-2′-deoxyuridine (2b)
• 5′-Trityl-2′-deoxyuridine 3′-dibenzylphosphate (3a)
• 5′-Trityl-2′-fluoro-2′-deoxyuridine 3′-dibenzylphosphate (3b)
• 2′-Deoxyuridine 3′-phosphate (dUMP, 5a)
• 2′-Fluoro-2′-deoxyuridine 3′-phosphate (dUFMP, 5b)
• 5′-Trityluridine
• 5′-Trityl-O2,2′-cyclouridine (6)
• 5′-Trityl-O2,2′-cyclouridine 3′-dibenzylphosphate (7)
• 5′-Trityl-arabinouridine 3′-dibenzylphosphate (8)
• Arabinouridine 3′-dibenzylphosphate (9)
• Arabinouridine 3′-phosphate (araUMP, 10)
• Xác định giá trị pKa nhóm phosphoryl
• Xác định giá trị K₁
• Tinh thể học tia X
• Lời cảm ơn
• Tài liệu tham khảo