Báo cáo khoa học: Identifying remote protein homologs by network propagation

Identifying Remote Protein Homologs by Network Propagation

Tác giả: William S. Noble, Rui Kuang, Christina Leslie, and Jason Weston

Lĩnh vực: Sinh học tin toán (Bioinformatics)

Nội dung tài liệu:

Bài viết này giới thiệu thuật toán RANKPROP, một phương pháp mới để xác định sự tương đồng giữa các protein từ xa. Khác với các phương pháp truyền thống dựa trên so sánh trình tự, RANKPROP tận dụng cấu trúc toàn cục của mạng lưới các mối quan hệ tương đồng protein. Thuật toán thực hiện một phép lan truyền trên mạng lưới này, gán điểm kích hoạt cho mỗi protein dựa trên cấu trúc mạng. Kết quả cho thấy RANKPROP cải thiện đáng kể thứ hạng so với PSI-BLAST, đặc biệt trong việc nhận diện các mối quan hệ sai dương và sai âm.

Mục lục chi tiết:

• MINIREVIEW
• Introduction
• Keywords
• Correspondence
• Abbreviations
• Protein database search
• The RANKPROP algorithm
• Other network-based propagation algorithms for homology tasks
• Ranking in other domains
• Validation of the RANKPROP algorithm
• RANKPROP on the UCSC Gene Sorter
• Discussion
• Acknowledgements
• References