Báo cáo khoa học: Analysis of ancient sequence motifs in the H+-PPase family

Analysis of Ancient Sequence Motifs in the H⁺-PPase Family

Tác giả: Joel Hedlund, Roberto Cantoni, Margareta Baltscheffsky, Herrick Baltscheffsky, Bengt Persson

Lĩnh vực: Bioinformatics, Molecular Evolution, Proteinaceous Amino Acids, Pyrophosphatase

Nội dung tài liệu: Nghiên cứu này khám phá các motif trình tự cổ đại trong họ enzyme H⁺-PPase, những enzyme có vai trò trong việc bơm proton và chuyển hóa pyrophosphate. Bằng cách sử dụng mô hình Markov ẩn (HMM) và phân tích chuỗi, các nhà nghiên cứu đã xác định được các vùng bảo tồn cao, đặc biệt là một vùng 57 amino acid nằm giữa các đoạn màng 5 và 6. Vùng này chứa các chuỗi nonapeptidyl (9 amino acid) với thành phần giàu các amino acid “rất sơ khai” (Gly, Ala, Val, Asp). Các motif này được cho là có vai trò thiết yếu trong việc liên kết cơ chất và là một phần của vị trí hoạt động của enzyme, có thể được sử dụng để xác định chức năng của các bộ gen chưa được chú giải.

Mục lục chi tiết:

• Analysis of ancient sequence motifs in the H⁺-PPase family
• Keywords
• Correspondence
• Ancient sequence motifs in the H⁺-PPase family
• Results and Discussion
• Characterization of H⁺-PPase members
• Different H⁺-PPase subfamilies
• Conserved regions within H⁺-PPases
• The 57-residue conserved region in the loop between transmembrane segments 5 and 6
• Occurrence of the typical H⁺-PPase nonapeptides in other proteins
• Putative metal-binding patterns
• Conclusions
• Experimental procedures
• Acknowledgements
• References
• Supplementary material